公众参与程序是公众参与能否实际得到实现的根本保障，任何权利或制度如果没有程序的保障，必须沦为“空化”，加强公众参与的程序制度建设对于确保公众真实的参与有极其重要的意义。因此，各国相关环境法律都规定了相应的公众参与程序，如＜法国环境法典＞、德国＜联邦污染控制法＞、日本＜环境影响评价法＞都有相关规定。而我国《
环境保护法》、＜环境影响评价法＞规定了应当确保公众参与，但没有建立相应的程序。我们不仅应当建立相应的程序，而且程序必须公正。公众参与的程序应当公正，程序公正是保证公众参与的公信力，使相对人和其他一般人心悦诚服的条件，所以有美国学者认为“人们宁愿以公正程序实施一项并不公正的行为”，这虽有些矫枉过正，但揭示了人们对程序公正的迫切要求。
我国公众参与程序建设，首先就是参与程序组织者的中立性。对于司法参与方式理所当然是由法院主持。而对行政性参与，则有二种模式，一种是政府组织模式，主要以法国、德国为代表，由政府有关部门组织和主持诸如环境监测、环境影响评价、环境规划等环境保护活动。第二种模式是由公众参与相对人主持和组织模式，以日本为代表，日本《
环境影响评价法》第
17条规定由项目建设者来组织和主持环境评价。理论上而言，政府组织的公正性相对更强，因为在市场经济成熟、法制完善的国度，政府相对而言能在公众与公众参与相对人间保持中立性，而公众参与相对人有自己不同于公众的特殊利益，在环境利益上甚至与公众处于对立面，中立性缺失，完全可能依靠其组织和主持公众参与的机会作出有利于自己的结果。我国＜环境影响评价法＞、《公众参与环境影响评价办法》选择了日本模式，但从我国国情而言，是不可能确保公众参与性的，实践中1997年3月1日开始实施的＜环境噪声污染防治法＞、2003年9月1日开始实施的＜环境影响评价法＞都规定专项规划、建设项目等进行环境影响评价中应当有公众的参与，但在这一制度或者实质没有得到执行，社会公众几乎就没有参与的经历。其次，我国市民社会不发达，市民的责任意识、参与意识不强，也没有较有力量的大规模的环境保护团体可以组织公众参与，缺乏制度外的公众参与；再加之我国民族重人情，经济学中的“搭便车”思想较为严重，也就是说每个普通公众都可能会想：我一个人反对也不可能改变结果，所以何不顺水推舟做个人情。每个公众都如此想，其结果会怎么样呢？因此，我国更应当采用法国模式，由环境保护保护部门组织公众参与，而且应当明确由于工作职务、私人原因与调查涉及工程有关的人员，尤其是工程项目所在地区的领导、有关部门、有关机构、负责施工和检查部门的人员，均应当回避，不得作为公众参与，也不得作为组织者进行公众参与组织。只有如此，才能解除公众的“人情”障碍，才能确保公众参与的公信力。
