水资源具有独特的地域特征，以流域或水文地质单位构成一个统一体，每个流域的水资源是一个完整的水系。现行的水资源管理体制不仅不能适合实施流域可持续发展战略的需要，相反有碍于流域可持续发展战略的实施。因此，必须改革现行的流域管理体制，建立一个崭新的科学的流域管理体制。
三、建立水资源流域管理体制的模式选择
通过中外有关水资源管理体制的比较我们可以得知，在目前，对水资源实行流域管理是很多国家所普遍采取的一种方式。当然，不同国家采取的具体模式可能有所不同，正如上文所述的美国、法国和英国的流域管理模式就有区别。就我国而言，建立一个垂直领导并具有一定权力的流域管理机构是解决目前水危机的必由之路。
流域管理机构的建制可以采用如下方式：设立直属于国务院领导的国家流域管理总局（或国家流域管理部、国家流域管理委员会），该部同水利部、环保总局、林业总局、农业部、交通部等部门平级。国家流域管理总局下设多个流域管理分局，如黄河流域管理分局、长江流域管理分局等等，分局受总局的垂直领导，不收地方行政的干涉。由于在水资源管理上出现过“多龙管水”的问题，在成立国家流域管理总局后，将上述部门有关流域管理的职能向流域管理部移交，由其统一行使。同时，为避免新设机构会出现人员臃肿的弊端，在水利、环保、农业、交通等部门执行流域管理权限的工作人员可以同时随业务移转至相应的流域管理部门。
国家流域管理总局可以直接地或者通过其下属的流域管理机关履行流域管理的职责、行使管理权限，其财政开支纳入国家预算。这种管理体制最为明显的优势在于“权大机构少”。权大，便于它对整个流域开发、利用和保护管理工作进行全局性的通盘考虑，统筹安排，统一规划，统一指挥，统一行动。而机构少，则有利于避免流域开发、利用和保护管理工作中的条块分割、各自为政、互不协调，甚至互不买账、互相推诿、相互扯皮等现象的发生，避免内耗，提高流域管理工作的效率。同时，还可以有效地避免地方保护现象的出现。[7]
任何一项制度的实施均离不开相应法律法规的支撑，国外的经验也表明,成功的流域治理需要法律的保障。虽然我国《
水污染防治法》规定：“防治水污染应当按流域或者按区域进行统一规划。”但是作为水资源保护基本法律的《
水法》对流域管理的规定显然不能适应当前水资源管理的实际状况，难免出现这样那样的问题。再者，我国现有的法律制度虽然基本适应我国国情，在环境管理上也吸取了西方国家发展经济中对环境破坏的前车之鉴，在逐步走向法制化和规范化，然而，现实大量存在的有法不依、执法不严的现象，使我国的一些相关立法形同虚设，无法实现立法者的预期目的，更无法有效的利用和保护稀缺的水资源。但我们同样也坚信，随着我国经济的发展和人民群众环保意识的日渐崛起，对于水资源流域管理体制的建立将指日可待。
