在分析国体概念的基础上，他进一步论证宪法与国家的关系，解释了国家、社会与个人关系的基本命题。国家就是一个机关，天皇是国家机关，是行使国家统治权的主体，他存在于国家生活之中，并不是超越国家生活的“神”。在国家中，国民与君主是被统合状态，故作为国家机关的国民实际上失去了对抗君主的意义，[35]体现了不同于西方立宪主义的国家概念与国民概念。在与穗积八束的宪法学争论中，他系统地阐述了他的国家法人说的理论，并强调穗积的理论“不是正确的解释学”，一直坚持“君主在宪法下”（也称国法的君主论）的理论。当然，这种立宪主义观点是不是“真正立宪主义”，也是值得探讨的。他提出了穗积理论体系存在的几个缺陷，其中特别说明了与立宪主义相关的几个问题。国家应该看作是一个法人，主权不是属于天皇一个人的，它属于国家而存在的，在这里天皇是构成其国家的最高机关。也就是说，与议会、政府一样，其权限是处在宪法的制约下而存在的。[36]有学者认为，此学说不是直接否定天皇制，而是“基于西方的宪政理论对日本明治宪法做出的新解释”。[37]那么，这种解释“新”在哪里呢？
他在“天皇治下的民主政”一文中系统地阐述了对天皇制的基本看法。他针对天皇制是否需要保留的问题上，明确指出：为了实现民主主义的政治，在宪法上支持天皇统治是必要的，甚至是绝对必要的，否则民主主义就成为一种有名无实的东西，会陷入法西斯独裁统治。他对国民主权有新的认识，认为所谓民主政治，在法律或形式上看就是“国民主权”，即国家统治的最高权力属于国民，但主权属于国民，并不意味着每个国民都参与国政，“它仅仅是哲学观念的思想表现，并不是要求实际政治中必须依据国民多数的意志运行”。确定何种政府形态，要根据国民的自由意志，而这种“自由意志”如何实现？他认为，现代多数国家的基本体制就是通过议会的议决，议会反映民意。因此，在民主政治体制下，天皇制能否维持取决于明治宪法下的议会议决或国民投票的结果。基于这种理念，他认为，国家是一个统一的团体，为了保持这个团体，需要国民的团结心，而为了加强国民的团结心，需要确立国家的中心，而在日本，国民与天皇的关系，类似于父子的情感。他同时提出，以天皇作为国家中心是两千年来的日本传统，具有稳固的历史基础，基于历史而形成的国民的心理是一种强大的力量，正是依靠这种力量，保持了民心的统一。如失去这种国家中心，民心就会涣散，虽然名义上保持民主主义，但实际上就会依赖于武力的方式实行独裁政治。[38]接着他论述了天皇制体制下实现民主政治的有效途径之一是“实行议院内阁制，更新国民教育的形式，培养国民参与国政的政治自觉性，使之成为有责任、具有批判精神的国民。
君主制与立宪主义理念能否相容？他认为，西方立宪主义强调法作为最高权威的地位，即实定法是具有权威的秩序，同时成为权威的基础；而在日本，自自由民权运动以来的宪法论、古代的天道、“道理”、正义等为基础的“契约型、合议型法秩序”构成一种传统，反映了制定法的相对化、限定化的倾向。[39]他认为，即使在新宪法体制下，作为统治的权利主体的法人是国家，国民通过国会实行间接的民主，于是国会成为行使国家统治权的最高机关。这一理论体系的重要意义在于，实现了“君主主权”与“国民主权”差异的相对化。[40]
有学者认为，西方的君主制与立宪主义关系不同于日本。在西方，君主与没有任何身份的国民之上存在平等调整的法，在这种国制下，君主负有尊重法或者人的各种权利的义务。而在日本，天皇对国制可采取否定的立场，以天皇作为权威的基础，只有通过天皇才能保持秩序。美浓部通过“天皇机关说”所表达的就是，依据法之外的“条理”的力量，超越法本身，使法上的最高权威也服从社会正义价值之下，以满足个体自由与权利的实现，防止以最高权威来随意否定个体的权利与自由。在与穗积等国体宪法学的论争中，他提出所谓的“法”是条理，是一种自然法，而不是制定法。明治宪法秩序的最高权威不是“黄祖黄宗”，而是“法”，国家也在“法”的统治下，“法”的渊源是“条理”，所谓条理就是特定时代社会中的社会正义以及社会利益的要求在法律上的体现。美浓部虽然未能将“国权至高性”的理论贯彻始终，但他一直强调国家权力的被制约性。他认为，对国家权力的制约分为法律上的限制与事实上的限制。[41]于是，他自然就得出一个结论，即天皇是法之下的国家，虽是“最高”，但只是作为一个“机关”而存在，非常巧妙地把天皇置于法的统治下，否定“君权神授”的理论基础，以法的相对化来体现“天皇机关说”的学术魅力与政治智慧。另外，他从文本主义的学术立场出发，强调天皇钦定的明治宪法条文本身是对君主权力的限制，如果君主与自己钦定的宪法相对立，就会陷入自我矛盾之中。[42]天皇与国民、秩序与权威、制定法与自然法等相互关系的发展过程体现了日本式的立宪主义的特点。[43]
从整个美浓部的思想体系看，他力求对立宪主义进行文化视角的分析，强调文化对立宪主义附加值的意义，突出亚洲文化传统下立宪主义存在形态的特殊性。在他看来，在特定文化背景下，民主政治与君主制遗产是可以寻求合理平衡的，而这种“平衡点”是民意，民意的走向是一种标准，也是合理性的基础。
五、美浓部的“基本人权”学说与立宪主义思想在日本的旧时代，权利思想几乎完全不发达。自输入西洋法律思想之后，借鉴中文译法，才有了“权利”的概念。在日本的传统上，个人之间的所有权以及其他的财产权、亲族权、继承权等还是发达的，但国民对国家的关系上并无权利思想的传统。国民对国家只有服从的义务，可谓义务本位。自明治维新之后，伴随着西洋思想的输入，权利思想逐渐发达，所谓民权自由说一时兴盛起来，于是制定宪法，在宪法上承认并保障国民对国家的权利。[44]
