二是在管理机制上采取登记主管机关（民政部）和业务主管单位的双重管理违背了民间组织最重要的自治性和民间性。作为非营利的、非政府的、志愿性的第三部门组织，在不危害国家利益、社会利益和他人利益的前提下，其活动宗旨、范围、方式、决策等各个方面都应当是全体成员共同和自愿决定的，而不应该受到任何外界的强制干预，否则就失去了其存在的意义。那么，要求民间环保组织必须有业务主管机关的规定就变成了一种积极的干预，违背了第三部门的根本特征。我们认为对公益性的环保民间组织的成立可以从“许可制”转变为“备案制”，以利于其生存和发展；
三是在成立条件上门槛较高，如规定应当“有50个以上的个人会员或者30个以上的单位会员，个人会员、单位会员混合组成的，会员总数不得少于50个”，应当“有合法的资产和经费来源，全国性的社会团体有10万元以上活动资金，地方性的社会团体和跨行政区域的社会团体有3万元以上活动资金”，并且“在同一行政区域内已有业务范围相同或者相似的社会团体，没有必要成立的”，登记管理机关不予批准筹备。这样的条件限制令许多环保民间组织望而却步，这也是其注册率低的一个重要原因。现代公民社会理念的核心就是强调公民对国家和社会事务的参与，而民间组织是公民参与的重要载体，设置过高的条件无异于在社会管理中将民间组织拒之门外，也堵塞了公民参与社会事务的渠道之一。
2.从环保民间组织的活动依据和权利来看：
一是知情权。这是现代公民社会理念的内涵之一，要求社会的各项信息是公开的和透明的，在环境方面，公民有权利了解自己生活在什么样的环境中和这种环境将面临什么样的改变，这就涉及到了政府和企业的环境信息披露。另外，环保民间组织在知识和精力上较公民个人更有优势，因而确保他们的环境知情权往往更能发挥实际的效用。目前各级政府多进行了政府信息公开，其中也包括环境信息，但渠道仍然不够畅通，企业的环境信息一般是被动公开，一方面企业不愿意公开，另一方面机制构建缺失，公民和组织很难知情；
二是参与权。包括公民有权参与国家环境法律和政策的制定以及有权参与规划和建设项目的环境影响评价。《
立法法》第
五十八条规定：“行政法规在起草过程中，应当广泛听取有关机关、组织和公民的意见。听取意见可以采取座谈会、论证会、听证会等多种形式”，《
环境影响评价法》第
五条规定“国家鼓励有关单位、专家和公众以适当方式参与环境影响评价”， 第
十一条规定专项规划的编制机关对可能造成不良环境影响并直接涉及公众环境权益的规划，应当征求有关单位、专家和公众对环境影响报告书草案的意见，认真考虑并作出采纳或者不采纳的说明。参与权是现代公民社会理念的核心，是公民表达自己声音的途径，也是第三部门对抗市场和政府失灵的方式，法律应当以更为细致具体的程序设计来保障这种权利；
