间接反证说的意义在于根据部分举证事实推定来认定存在因果关系，大大缓和了原告在环境案件上的举证困难。适用于复合要件产生损害的场合。间接反证说在事实认定上同样存在以“推定”代替“实在”、以“部分事实”代替“全部事实”的弊端,而且被告往往只要找到孤例就能证明间接事实的存在，而使推定不成立。
　　
　　三、环境诉讼的因果关系推定规则
　　
　　从以上的分析我们可以看出，因果关系推定的理论和方法是多种多样的，它们的适用各有优势和不足，但有一点是共同的，即减轻受害人的举证负担。在实践中，我们也发现，因果关系的推定，没有一个普遍适用的、统一的方法。实际上也不可能有这样的方法。因为环境案件是复杂和多样的，它需要多样性的因果关系推定方法甚至是组合的推定方法与之相对应，以明确环境损害行为与损害事实的关联程度。日本的司法实践很好的说明了这一点。同为公害病诉讼，富山骨痛病诉讼审判适用的是疫学因果关系推定法，而新泻水俣病审判则适用了间接反证法。造成适用不同因果关系推定的原因就在于这两个案件所需要解决的问题不同。在富山骨痛病诉讼中，原被告争论的焦点是，导致原告们患上或加重了骨痛病的原因是什么？即致害的因果关系尚待证实，因此，法院适用了疫学因果关系法，通过流行病学的调查分析，推定被告所排放的含镉废物所导致的镉中毒是导致原告患病或加重的原因。在新泻水俣病诉讼中，水俣病患者是在政府公示“水俣病是因有机水银中毒而侵害人的神经系统导致的疾病”后提起诉讼的，致害的因果关系已经证明，只是到达的因果关系还未证明，即水体中的超量水银来自何处并到达了被害人处而引发疾病，并成为原被告争执的焦点。在这种情况下，法院适用“间接反证法”，责令被告就自己的行为与污染源无关提供证明。
　　
　　而且，在各国的司法实践和立法中，也注意到因果关系认定的复杂性，从而对因果关系的证明，确定从案件所涉及的各个因素进行考虑，决定因果关系证明的方法。在日本，通过四大公害审判，认识到在因果关系问题上有着以下共同点：一是健康损害与环境污染间的因果关系的判定，花费了很长时间；二是由于因果关系不能查明，成为各种对策滞后的理由，导致企业回避责任或是政府对策拖延及不采取任何对策，最终造成环境健康受害范围的扩大；三是出现了受害者救济被搁置不理的情况。因而在因果关系的证明问题上，需要医学上的实验证明，但是过于严格死板，反倒对受害者的救济工作没有益处。因果关系的证明，不应单纯依赖于原有的流行病学、病理学、分析学、实验方法，还应该运用更为广泛的判定方法，特别是针对下列情况：对于非个体差异性影响的症状；对于污染程度为慢性的轻度情况；对于复合性污染，不存在单纯原因的情况；对于一般性的保健卫生条件不完善，很难判明环境领域的健康影响的情况；对癌症及下一代造成健康损害影响等的情况。[14]在德国，针对环境侵权因果关系的认定困难，在环境法中明确规定实行因果推定的原则和因素，即要根据“从业过程，使用设备，投入，排除物质的种类，浓度，气象学的诸元素，损害发生时的时期、场所，损害的样态，个别事例中看上去对损害发生具有积极、消极作用的其他全部的状况”来认定因果关系的适当性，如在具备因果关系存在的盖然性被认可的情况下、被证明的情况下，推定因果关系的存在。[15]

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