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“执行者负担”，是指自然保护区保全及管理的执行者负担该费用，而国家在预算内对担负执行任务的都道府县给予该执行费用的一部分补助。
“受益者负担”，是指当地方公共团体因国家启用保护区保全事业时受益，在受益限度内负担该执行所需费用的一部分;或者，因国家或地方公共团体执行保护区保全事业而产生有显著的受益者时，由该受益者在其受益的限度内负担因保护该保护区所需费用的一部分。
“原因者负担”，是指国家或者地方公共团体，因某工事或者行为而不得不实施保护区保全措施时，该原因工事或者行为的费用负担者应负担全额或者部分的实施此项必要的保护区保全措施所需费用。
此外，还采用了利用者负担的方法，如自然公园美化管理财团(财团法人，为推进公园的管理而成立的民间组织)把公园停车场所收取的费用作为资金，用于修建人行道、公园美化、清扫等。还有，获得关联部门的赞助，如知床、屋久岛等国立公园得到了土地、林业部门的支援，重点实施了人行道的管理、植被的复原等更细致的事业管理。[16]
在我国业务指导与实际管理权分离的问题的主要方面是，保护区的人员工资待遇、经费开支等，全由地方政府承担，国家林业局、农业部等中央行政主管部门，只对保护区进行业务指导。我们可以参考日本的做法，根据自己的基本情况，制定相关的制度。按照执行者负担、受益者负担、原因者负担等原则，若自然保护区的相关措施由国家林业局、农业部等中央行政主管部门实施，所产生的费用就应该由国家林业局、农业部等中央行政主管部门负担，从而减轻地方政府因上级部门实施措施而加重的负担。主要矛盾解决，通过各方面的努力可以使业务指导与实际管理权统一起来。
（三）解决分部门管理方面存在的问题
我国自然保护区的管理体制在部门管理方面存在着，诸如各自为政，权力冲突；多头管理，管理权限矛盾等问题，急需解决。
1.明确管理职责，实行主管部门直接管理
自然保护区的法律应当明确不同自然保护区管理部门的责任，包括经费机制、提交和通过计划的程序、监督和控制机制、标准化报告的要求、监测和信息共享及保护地工作人员的能力发展和职业结构。要明确相关职能部门和自然保护区管理部门的职责，避免政出多头的现象，以及明确各部门的自然保护区管理范围及权限，其方法主要是统一相关的法律、法规，进行立法上的相互协调。其中的责任条款需要特别强调，做到职责明确。各级部门与保护区管理部门应遵守法律和相关实施条例，相互配合，切实履行职责。
建立责权分明的行政管理体系。行政管理体制是自然保护区建设管理非常基础和重要的手段。一个良好、完备的行政管理体系是自然保护区发展的最大动力；一个运行正常、管理高效的管理体制是自然保护区发展的重要基础；一个责、权、利相统一，人、才、物相一致的管理机制将在自然保护区的发展过程中发挥重要作用。自然保护区的行政管理体制要按照现行的国家行政管理体制，出机构就有任免权，批编制就得出经费，实现责、权、利相统一，人、才、物管理的一致。只有这样，才能发挥各级政府的积极性、创造性，把自然保护区的发展纳入本级政府的发展规划，真正推动自然保护区向前发展。[17]
应明确国家级自然保护区管理机构由国家自然保护区主管部门直接管理，地方级自然保护区由相应级别的政府部门直接管理。各个自然保护区管理机构作为国家或地方有关主管行政部门的派出机构，负责所在自然保护区的管理。从根本上改变目前管理责任不清、建而不管的状态。国家级自然保护区应由国家主管部门直接任命主管领导，并由国家主管部门给予经费预算与拨款，改变目前的国家级自然保护区由地方管理的模式。[18]
2.加强行政首长负责制
自然保护区涉及综合管理部门与主管部门之间、主管部门与主管部门之间的利益调整，这是一个不可回避的问题。政府在自然保护区的管理中处于核心地位，应加强自然保护区管理的政府行政首长负责制，落实政府对自然保护区管理好坏负责的规定，发挥地方政府在自然保护区保护中的示范作用，根据不同地区的文化、历史差异，强化自然保护区相关法律的实施。对于自然保护区的建设和管理进行宏观的统一规划、统一领导、统一协调，进行综合管理。对事权进行分工合作，划定权限，对规划权、审批权、监督权、管理权进行界定。若行政首长违反法律的规定，给自然保护区带来也严重的损害，应由上级政府行政主管部门，依法给予行政处分，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
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