（三）由环境保护部门主管
世界上许多国家都是采用这种体制模式。例如，在日本，自然环境保护包括自然保护区管理工作由环境厅统一负责。环境厅下设自然保护局，主要承担有关自然环境的保护和整备的综合调整任务，是国家实施自然环境区域保全制度的管理机关。在澳大利亚，联邦政府主要负责管理联邦保护区，其它类型的保护区大多是由各州自行管理的。就联邦保护区来说，具体的管理职责是由澳大利亚环境部下设的澳大利亚公园局承担的，但海洋公园和海洋保护区则由澳大利亚公园局委托给同为环境部下属的海洋和水务局进行管理。类似地，印度、韩国、德国、俄罗斯等国家的自然保护包括自然保护区管理工作也都是由环境保护部门实行统一管理的。[13]
四、进一步完善我国自然保护区管理体制的建议
针对我国自然保护区管理体制上存在的上述问题，在借鉴部分国家自然保护区的管理体制模式的基础上，本人提出如下建议：
（一）在《征求意见稿》的基础上进一步完善自然保护区独立的管理机构的设置
现行的《
自然保护区条例》，将环境保护行政主管部门的职责定位于“综合管理”，但“综合管理”在法律上的性质不够明确，职责也不易划清。因此《征求意见稿》将环境保护行政主管部门的职责定位由“综合管理”表述为实施“统一监督”。草案规定，环保部门不直接对自然保护区进行具体管理，地位比较超脱，处理保护与开发利用的关系可以较少受各种利益关系的牵扯，可以更加客观公正。这样的规定，纠正了过去立法对保护区管理机构性质规定上的混乱现象，从法律上规定了自然保护区主管部门在性质上属于行政执法机构，从而明确了保护区主管部门的性质，不至于将其至于集行政、经营于一身的尴尬地步，影响其执法的合法性和公正性，有利于其明确工作方向。同时，这一规定，实际上建立了自然保护区统一的监督协调机构，明确了环境行政主管部门的职责。弥补了我国自然保护区因缺少统一监督与协调而造成“各自为政，多头管理”等各方面混乱的缺憾。从而有利于强化自然保护区的生态保护工作，有利于自然资源保护事业的健康发展。这一规定是自然保护区立法史的一大进步,但是该机构的性质仅仅是监督协调，是远不够解决问题的。
为了使保护区内的物种资源得到有效的保护，无论一个保护区在行政上跨越几个县、地(州)，只要在地域上相连，就需要将其作为一个整体来考虑，以维护保护区的完整性。因此，可考虑建立一个独立于当地政府，而直属于省府乃至国家的有关自然保护区管理机构，统一管理我国的九类自然保护区。在这一机构下针对不同的自然保护区类型分设不同的管理部门，各分部门需要实施或制定的有关政策或法规应在整体上保持一致或协调，当部门权益发生冲突时由其垂直领导机构统一管理。[14]
各级自然保护区主管部门要认真履行综合监督职责，建立并完善自然保护区管理工作监督检查制度，建立责任追究制度，分析自然保护区的保护状况和存在问题，解决保护区管理机构工作中而临的实际困难，对于各种威胁和破坏自然保护区及其保护对象的违法犯罪行为，要会同有关部门依法严肃查处。管理不力的自然保护区应限期整改;资源遭到破坏，己失去保护价值的应子以撤消，对责任人应依法予以追究;开展自然保护区建设管理示范，努力建设一批与国际接轨的自然保护区，指导和带动全国自然保护区提高管理水平。同时需要建立一套自然保护区管理标准、职业标准和评估体系，希望通过实施这样的标准来加强评估，并将评估的结果和保护区的经费支持力度和行政手段等奖惩制度联系在一起，加强协调和监督，提高总体水平。[15]
（二）缓解业务指导与实际管理权分离的矛盾
解决我国自然保护区存在的业务指导与实际管理权分离的问题，本人认为可以参考日本的多种管理费用负担原则
按照执行者负担、受益者负担、原因者负担等原则，确定自然保护区保保全及管理费用。
