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（四）分类管理方面存在的问题：自然保护区性质不清，与其它类型保护地的功能相混淆
我国目前主要有5种类型的保护地，包括自然保护区、森林公园、风景名胜区、天然林保护地及其它传统文化森林保护地。自然保护区以其突出生物多样性的保护而有别于其它类型的保护地，即强调保护具有全球或区域、地区代表性的生态系统，濒危及受威胁状态的物种的生境及各类遗传资源，以使生物的多样性能为不同世代的人类公平地可持续利用。森林公园强调通过保护森林生态系统及其景观为人类提供休憩与旅游的场所;风景名胜区则重视保护与利用具有观赏、文化或科学价值的自然景物与人文景物以供人们游览、休息或进行文化活动;天然林保护区及传统文化保护地主要保护森林的生态系统服务功能，以增强与维护区域的生态环境条件与可持续发展能力。
但目前我国保护地体系尚未明确，各类保护地的性质与功能没有严格的界定，加上没有统一规划与严格规范的程序和监督协调机制，随着市场经济的发展，自然保护区的性质越来越不清楚，在国家自然保护中的定位也模糊不清，从而导致自然保护区与森林公园、风景名胜区及其它类型保护地的性质混淆。在自然保护区中建设森林公园与风景名胜区的越来越多，有许多国家级自然保护区甚至是“一个机构两块牌子”、“一片林子两个区”，即这些自然保护区既称为“自然保护区”，又称为“森林公园”或“风景名胜区”。[11]在自然保护区功能区划分时，往往先满足森林公园及风景名胜区的功能要求，导致许多国家级自然保护区将旅游区规划在自然保护区的中心区域。于是在一些国家级自然保护区中，旅游区位于保护区的中心位置，保护区的核心区则分布在山上。这一现象如不及时改变，将严重影响自然保护区的发展及对生物多样性的有效保护。[12]
三、部分的国家自然保护区管理体制模式
由于各国政体不同，因而从严格意义上讲，各国的自然保护区管理体制有所不同。但是，如果从是否设立了专门机构以及是否是由环境保护部门负责自然保护区管理下作两个方面出发，再基于英国、美国、日本、澳大利亚、新西兰、加拿大、德国、韩国、印度以及俄罗斯等国家的情况，可把国外自然保护区管理体制概括为以下三种模式。
（一）多部门分工负责
美国属此模式。在美国，保护区主要由联邦内政部和商务部负责。内政部具体负责国家野生生物避难所、国家公园和荒野保持体系的管理。海洋保护区，则是由商务部负责管理。只是在联邦内政部又分别涉及鱼类和野生生物署、土地管理局、国家公园署以及林务局等多个机构。加拿大的情况与美国类似。在加拿大，国家公园体系由遗产部负责；野生生物保护区体系则是隶属于环境部负责。需要指出的是，这种管理模式目前已被许多国家所摈弃。例如，在韩国，1993年前，环境厅、海洋水产部、建设交通部、山林厅等分别负责陆地、海洋、城市公园、森林范围内的自然保护包括自然保护区的管理工作。1993年环境厅升格为环境部后，自然保护包括自然保护区的管理工作逐渐统一划归环境部。日本、澳大利亚、印度等国均属此情况。
（二）由专门的部门统一管理
在1949年《国家公园与乡土利用法》颁布之前不久，英国就设立了专门机构即自然管理委员会，专门负责英国的自然保护包括自然保护区管理工作。该机构于1965年合并到自然环境研究委员会，1973年后又重新独立出来，并更名为自然保护委员会。1990年以后，随着地方分权势力的增强，这种中央性质的管理机构最终被解散，取而代之的是按地理分区重新组建的自然保护管理机构，包括:英格兰自然保护委员会、苏格兰自然遗产委员会、威尔士乡村委员会。与此同时，为了弥补中央性质的管理机构解体后可能出现的弊端，在上述新组建的地区自然保护委员会的基础上，成立了具有协调性质的自然保护联合委员会。此外，英国政府其他部门（如农业和林业等部门）以及地方政府（尤其是规划部门）在各自的职责范围内也都依法赋予了相应的自然保护义务，如规划部门负责对保护区内土地利用申请进行审查。由此可见，英国自然保护区管理体制最基本的特点是:由比较专门的机构对自然保护区实行统一管理，同时，其他政府部门在各自管辖范围内协助自然保护机构开展工作。新西兰环境部在自然保护方面主要负责生物多样性保护工作，而自然资源和保护区管理工作则交由自然保护部承担。
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