（二）分级管理方面存在的问题：业务指导与实际管理权分离
我国自然保护区根据保护对象的重要性及代表性划分为国家级和地方级，地方级又包括省级、市级和县级。但在实际分级管理中，主管部门并没有起到管理责任，国家级自然保护区实际由地方省或县进行管理。从自然保护区产生的流程来看，先是由地方行政主管部门提出可行性报告，交由当地环保局审查，若是地方级自然保护区，则由当地政府审批;若是国家级自然保护区，就报中央政府审批。批准后，保护区的人员组成、工资待遇、经费开支等，全由地方政府承担，国家林业局、农业部等中央行政主管部门，只对保护区进行业务指导。这种“业务指导与实际管理权的分离”，结果使这种管理体制往往导致地方利益与生态保护发生矛盾，使保护向开发妥协，极容易引发地方利益与生态保护之间的矛盾。[6]
（三）分部门管理方面存在的问题
1.各自为政，权力冲突
就公共资源属性而言，自然保护区作为共同财富和公共产品它在消费上不具有排他性，因此，资源的使用必须“集体行动”。个体对公共资源的自由选择与利用和社会的公共资源的分散管理，将会产生破坏性竞争。根据决策理论，在公共管理中，管理主体越多越分散，管理责任就会趋于松弛，对资源的保护就越无力，资源的状况就越坏。反之，权力越统一、越集中，责任就越大、越明确，而权力主体之间的破坏性竞争和摩擦就越小。而我国在自然保护区管理体制的构建中，没有注意到环境资源作为公共资源的属性。在综合管理与分部门管理相结合的管理体制中，国家环保总局对自然保护区管理的权力受到各种因素的制约，难以对各部门在宏观决策、政策指导与监督检查方面有所作为。各部门则易从部门本位主义的角度出发，积极发展隶属于本部门的自然保护区，使得保护区的发展无法进行统一规划，重复建设，各自为政等问题日趋严重。保护区的主管部门太多，政出多门造成对自然保护区整体利益和长远利益的损害，并制约自然保护区的管理与保护效率。[7]
截止到2004年，我国共有2194个自然保护区，这些自然保护区分别由国家7个部门管理。在实际管理中，每个部门都有自己的管理体制，经费来源。各行政主管部门不免从部门本位主义的角度出发，积极发展隶属于本部门的自然保护区，使得保护区的发展无法进行统一规划，重复建设，各自为政等问题日趋严重，并开始制约自然保护区的管理与保护效率。例如，东洞庭湖水域，不但有林业系统建立的湿地自然保护区进行野生动物保护管理，而且农业系统组织管理农民在周边湖岸农田从事的农耕活动，渔业部门负责组织管理渔民在湖区进行渔业捕捞作业，水利部门负责规划蓄滞洪区和建设防洪工程，航运部门组织管理水上运输作业等。由于不同部门针对不同领域进行管理，导致出现各自为政、权力冲突的局面，影响到了东洞庭湖湿地资源统一管理。[8]
2.多头管理，管理权限矛盾
就生态属性而言，自然保护区内的自然资源无论是作为一种环境资源还是一种经济资源，都具有生态系统的完整性、跨行政区域性和使用的多元性等特征，因而无论是对环境资源的何种使用都涉及到对资源的保护与管理问题。现实的状态是:一方面，自然保护区内的环境资源被行政区划分割为不同的管辖范围，由不同的主体分别行使管辖权;另一方面，环境生态系统并不因为行政区划而改变其发展规律。而我国自然保护区立法，却忽视行政主管机关权力的限制与协调，管理体制的设置只重视行政区域机构而忽视生态区域机构的弊端暴露无遗。缺乏对地方利益、部门利益的限制，其结果只能是整个自然保护区环境资源的失衡，最终导致自然保护区的环境与资源的污染和破坏。
长期以来，逐渐形成某一部门统管某一类型自然保护区，部门之间业务分隔而管理职责重叠交叉的现象。保护区、社区、当地政府、主管部门、经营部门之间的相互排斥与冲突多于合作与协调。[9]最明显的是各平行部门之间的打架现象。目前林业和环保部门建立和负责的保护区占了所有保护区数量的87%。国家林业局因为主管我国生物多样性最丰富的森林、湿地和陆生野生动物，而建立和负责了我国绝大部分的森林、湿地和森林野生动物保护区。另外有农业、国土资源、海洋、水利、建设、中医药、科研、教育和旅游等共十几个部门分别建立了一定数量的保护区。这些主管部门对其主管的保护区有管理和执法权利。那么针对一个特定的保护区而言，保护区有相应的主管部门，而保护区内不同的资源，又有相应的主管部门，这些主管部门可能会与保护区的主管部门不同。自然保护区境内的资源常分属几个部门主管，例如林业部门主管的保护区内河流中的鱼类，按照《
野生动物保护法》的规定，应由农业部门的渔业局主管。又如一个典型的红树林自然保护区，海洋和海岸带属海洋部门，浅海和滩涂中的水生动物属农业部门，林木和栖息于保护区中的鸟类则属林业部门。各类保护区的性质与功能没有严格的界限，从而导致有的自然保护区既是风景名胜区，又是旅游开发区，受多个部门管理。[10]有的时候一个保护区出现十多个平行部门进行保护区执法的现象。部门之间因此产生了管理权限上的矛盾。
