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预防为主原则属于事前调整，是先进的环境保护战略和科学的环境管理思想的体现，被视为现代环境保护的灵魂。要预防一切环境污染和破坏造成的危害，当然也包括通常不会发生的危害、时空较远的危害以及累积型的危害，既适用于损害预防也适用于风险预防，要求尽量防止和减少引起人类环境退化的原因。需要注意的是，预防是基于人类凭借现有的科技水平在可能的范围内，事先防范各种干扰环境的行为。在具体落实的时候，可能出现的问题是“法律役于技术”，对于那些现有科技水平不能证明对环境有不良影响的活动，当事人就有借口来从事。为了防止这种情况出现，应该专门规定，对于从事环境开发、利用等活动的，凡不能证明对环境无不良影响，均视为有影响，应严格限制，或禁止，或采取相应补偿措施等等。但是，由于预防既不能消除和减少已经产生的环境问题，也不能在没有任何经验的条件下防止所有环境问题的产生，所以对于由于条件限制而无法认识、预测和防止的环境问题，只能进行治理。因此治理也是不可或缺的一部分，只有根据具体情况统筹安排，运用各种手段和措施，对环境进行综合整治，才能达到保护和改善环境的目的。
虽然我国历来都比较重视预防为主，但是目前对于此原则的贯彻还是存在一些问题。无论从立法上还是实践中，都有需要改进的方面。比如，我国有关排污收费的法律规定，超标排污的单位，在缴纳了超标排污费后仍未能使排污达到排污标准的，从开征第三年起加收排污超标费；除此之外，还必须负责治理，并且征收的超标排污费必须用于污染的防治。可见，超标排污行为除非造成环境严重污染（特殊保护区除外），现阶段被我国法律所许可，在排污单位依法缴纳超标排污费并履行治理义务的前提下被认为是合法的。[9]这显然与“预防为主”原则相悖。由于环境污染造成的危害都有潜伏期，一般具有缓释性，因此必须预防今后的严重危害，甚至要考虑到子孙后代的利益，避免被动局面的出现。因此，应该尽快对合法排污问题进行规制。又如，由于外来物种入侵问题，造成严重的生态灾难，威胁着我国经济发展和生态安全，显然也是由于没有做好预防为主工作的恶果。最典型的就是被喻为“紫色恶魔”的凤眼莲（俗称“水葫芦”）在水域的肆虐，其在云南滇池的疯狂蔓延被专家指称患了“生态癌症”。外来物种入侵的结果具有一定程度的不可预见性，这就使预防工作显得复杂和棘手。贯彻落实预防为主原则，首先必须制定专门的外来物种管理法规，建立外来物种引进的风险评估机制、跟踪监测机制和综合治理机制。对于不适宜引进的有害物种，要通过风险评估机制进行评估，把它们拒之门外，此为“预防为主”；对于风险尚未可知的物种，要通过跟踪监测机制，如果被证实为有害生物或随条件变化转变为有害生物，要及时彻底根除，此为“防治结合”；对于已经入侵的有害物种，要通过综合治理制度，确保可持续的控制与管理技术体系的建立。必须通过生物、物理、化学等方法的综合运用，达到对外来入侵物种的最佳治理效果，此为“综合治理”。
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