第三，法律制度建设相对落后。从法治视角来看，行政体制改革的过程就是大规模行政法律制度建构的过程。如果说计划经济下的行政体制以权力为中心，可以依附于人治；那么在市场经济条件下，行政体制更强调各利益主体的权利，更多地依赖于法治，各类主体的利益配置、诉求表达、权利救济等都依赖于法律制度的建立健全。在以往改革中，法律的作用并不突出，尽管《行政处罚法》、《行政许可法》等也对政府及其工作人员的行为进行了规范，但大量实体法律制度并没有随着行政体制改革而发展。典型的例子就是行政组织法律制度至今停留在上世纪80年代的水平，并且得不到落实；仅用“三定方案”来调整政府职能和编制，容易导致机构改革随意性大而理性不足。
第四，改革程序上缺乏社会公众的民主参与。无论是中央还是地方政府机构改革方案在拟订过程中，都仅限于“绝密”范围内讨论，把改革完全当作政府内部的事情。尽管改革方案也吸纳了少数学者的意见，但外部开放性不够。也许公开讨论会触及行政机关以及官员的利益，甚至对行政秩序的稳定带来一定影响；但改革毕竟涉及全民利益和国家发展，缺乏公众的参与，改革方案的正当性和科学性也存在瑕疵。
第五，改革导向上忽视了行政管理自身规律。行政体制改革要与经济体制改革相互协调，也要尊重行政管理自身的规律，而以往几次改革对行政管理规律的把握还比较欠缺。比如，五级政府管理层次过多，严重消耗财政资源；部门设置分工过细，导致职能交叉和效率低下；政府决策权高度集中，不重视调查研究，对决策结果的社会接受程度考虑不足。
（三）原因分析首先是发展规律制约。行政体制改革最初缘于经济体制改革对行政体制的要求，因而以经济发展为出发点和动力也是必然选择。改革没有现成经验可循，一切都要在实践中不断摸索。经济体制改革从1978年开始，但直到1992年才确立社会主义市场经济体制的改革目标，对行政体制改革目标模式的认识同样也有一个过程。也正是由于发展程度和时代背景的限制，以往改革对现代科技和国外制度把握不足，使得改革视角存在一定局限。
其次是传统文化惯性。几千年的集权体制和儒家文化，造就了人们的秩序思维和人治理念，人们熟悉高度集中的治理模式和宝塔式的管理结构，习惯于以权力为中心的命令服从规则体系。虽然社会利益分化和重组在不断冲击传统，需要建立以利益调整为导向的多元治理模式和博弈思维，但突破传统意味着对自己的革命，这无疑是一个艰难漫长的过程。
