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2．提高环保行政部门的地位，并改横向的管理体制为垂直的管制体制
考察国外的管理体制，可以看出许多国家的环保部门在该国有很高的行政地位。譬如澳大利亚、巴西、保加利亚、加拿大、丹麦、日本、韩国、新西兰、挪威、俄罗斯、瑞典、泰国等国家的环境或资源部长都是其政府或内阁主要成员，在政府或内阁中具有举足轻重的地位。特别是澳大利亚的环境部长罗伯特·希尔还是政府参议院的领袖。日本为有效控制公害，1970年7月成立了由首相直接领导的公害防治总部；韩国于1990年1月将环境保护主管部门升格为环境部。另外，法国于1971年、瑞典于1986年、保加利亚于1990年均成立了环境部这样一个部级性单位。
同时，许多国家的环境机构负责人的地位也很高，如韩国的环境部长是国务委员，直属于总理，可就环保政策、计划及其执行在各部门之间进行统一协调；日本的环境厅长是主要的内阁大臣；澳大利亚的环境部长从1987年就开始进入内阁称谓内阁大臣，发展到后来其部长同时又是议会的议长。
我国也可以学习这些国家的经验，进行相应的改革。譬如在国务院，可把环境保护总局改为环境保护部（或环境生态部）。更大胆一点的改革，是在现有体制不变的条件下，由一位副总理兼任环境保护部长，这样就可以大大提高环保部门的权威。另外，可设立两套垂直管理的体制，一套是国家级环境保护的垂直管理系统，一套是省以下的地方环境保护垂直系统。就国家的环境保护来说，应当采取中央、大区到城市，这样三个层次的垂直管理。就省来说，应该实行省、市、县三个层次的垂直管理。[19]中央以下的环境保护系统的第一把手的人事任命可由地方政府提名选拔，但上级环保部门享有审批权，必要时上级环保部门还可直接任命下一级的环保局长。
3．科学分工各部门的职能，并清晰其权限范围
科学分工各部门的职能和权限范围，可以从以下三个方面进行考虑：
第一，部门性质。不同性质的部门只能从事与其性质相适应的工作，不能甲管乙事，如资源部门主要负责对资源的持续、合理利用与公平分配问题，而相应的环保事务则主要由环保部门来负责处理。
第二，“效率原则”。不同的部门所掌握的知识、技术、设备是不同的，职能的分工应充分发挥他们的长处，扬长避短才能提高其工作的效率。如民航和铁道部门以及环保部门都是行业性比较强的部门，民航和铁道部门负责管理控制民用航空器和铁路的经营效率较高，而管理航空器噪声，铁路噪声则不太合效率原则了，而应由环境监督管理部门来行使。
第三，“公正原则”。依据诉讼法 “自己不能审理自己的案件” 的基本原则，一个部门不能“既当球员又当裁判员”。国家经贸委本是一个负责国家经济事业的综合决策性的部门，法律不能完全把淘汰严重污染环境的工艺设备的决策权和监督管理权授权经贸委，而应完全交由环保部门行使；或者环保部门享有最高的监督权，可以通过国务院办公会议或主管副总理而对经贸委进行直接的监督，只有这样才能保证淘汰的公正性与合理性。
4．改良跨部门合作的协调机制
环境问题的综合性和复杂性决定了环境管理事务在很多时候会涉及到多个部门，要想高效地进行环境管理就有必要设置跨部门、跨行业、跨规格的环境管理协调部门。国外的许多实践也已经证明，这种跨部门、高规格环境管理协调机构的设置对环境保护事务的有效开展可以发挥重要作用。如美国国家环境质量委员会（CEQ）是根据《美国环境政策法》而设置的，CEQ设在美国总统办公室下，原则上是总统环境政策方面的顾问，也是制定环境政策的主体，其职责为：一是为总统提供环境政策方面的咨询；二是协调各行政部门有关环境方面的活动。另外，在澳大利亚，除环境与遗产部以外，在中央层次上，还有两个重要的环境管理协调部门：澳大利亚和新西兰环境与自然保护委员会（ANZECC）及国家环境保护委员会，这两个部门中前者可以为交流信息和经验以及发展合作提供场所，后者不但可以投票的形式通过环境法规而且还可就跨部门的环境事务进行协调[20]。
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