（三）缺乏高效的部门协调机制
我国的环境管理体制是一种横向的各部门并立的所谓“统一管理与分部门相结合”的管理体制。由于立法或历史上的原因，存在部门之间权限不清、管理机构重叠、部门管理职能重叠或交叉、管理部门错位等多种弊端而严重影响环境法律的有效实施的情况，但另一方面我国又缺乏应对措施——即没有设置对这些冲突与矛盾进行有效协调的权威性部门或机构。当然，有的地方有一些很好的协调经验，如武汉建立了社区居民自治和部门联动的新型管理机制，[15]但总的说来这种协调和联动没有形成一个规范化、法律化的制度，由于每次都要临时组织协调，往往由于各方面的原因导致久拖不决而效率低下。再者，就是这种不成熟的联动机制也还没有在全国得到很好的推广。
（四）地方分割，欠缺有力、高效的跨行政区环境协调机制——跨区环境纠纷难处理[16]
众所周知，环境是没有区域边界的，许多环境要素如地表水、大气是流动的，整个生态环境也具有整体性的特点，因此，客观上要求环保工作不能受行政区域的影响而进行块块管理。然而，我们国家的环境管理却是以国家的行政区划设置为基础而进行分割管理的。除了很不健全的处理跨行政区水环境资源纠纷的法律法规以外，基本没有形成一套处理跨行政区环境资源纠纷的制度[17]。（虽然我国有所谓的流域管理机构，但该机构权力很弱，几乎形同虚设。）管理设置上的地方分割性与环境要素的整体性之间存在根本矛盾，以致跨区域的环境纠纷很难得到及时和有效处理。2005年，全国发生环境污染纠纷12.8万起，其中相当一部分是跨界污染。尽管《
环境保护法》第
15条规定“跨行政区的环境污染和环境破坏的防治工作，由有关地方人民政府协商解决，或者由上级人民政府协调解决，作出决定。”但如何协商？协调的权限如何？程序如何？如果协商不成怎么办？协调的法律效力如何，是否必须遵守？法律对此类问题并没有做出进一步的说明。因此，在处理跨界污染时，往往是各说各的理，各拿各的证据，由于缺乏权威的协调部门把持大局，因此很难处理到位。
（五）第三部门(非政府组织)发展缓慢，参与机制流于形式、监督机制软弱无力
对于公众参与，我国在《
环境影响评价法》中虽然有关于听证等方面的规定，但总体来讲，对于公众的环境事务参与权规定的还很不详细，更为严重的是缺乏对公众参与的效力以及对有关行政部门违背公众参与的法律责任的规定，使得公众参与流于形式，只是走走过场而已。
政府与环保部门可以监督企遵守环保法律，但谁来监督政府？当政府与这些环保执法部门同污染企业勾结，并成为污染企业的保护伞的时候，除了人大与新闻媒体能发挥一定的监督作用外，我国缺乏有权威的环保监督机构。尽管有人主张发展所谓的第三部门，但我国的第三部门发展相当缓慢，目前还远远没有足够的力量对政府或执法部门进行监督。
三、以“地位独立、分工明确、办事高效、运转协调、监督有力”为原则，改革现行环境管理体制[18]
1．建立独立的财政体制
要改革现行的体制，最根本的办法是把地方政府从目前的“准企业”状态还原为真正意义上的公共政府和福利政府，通过完善的制度设计来规制政府的行为，刨掉地方保护主义的土壤，并严厉打击政府的寻租现象。因此，我们应借鉴西方发达市场经济国家的管理体制，把目前“分灶吃饭”、“自主创收”的财政体制，转变成“先集中、后返还”、“收支两条线”的体制。由国务院统一拨款，解决环境管理机构的办公经费与劳务、津贴、福利问题，同时排污费与环境税费则统一上缴国库，即采用“先收后放，收支两条线”的体制形式，加强监督，并启用有力的惩罚机制和切实的奖励机制，规制政府的环境行政行为。试问，在这样的体制下，地方保护主义还有多少生存的空间？（当然，这一措施改革的力度很大，为了维持稳定大计，应该循序渐进的进行。）
