（二）环保部门缺乏独立性与权威性，受制于地方各级政府，难以抵制地方保护主义
1．环保部门财政不独立
（1）由于财政不独立，环境管理部门缺乏独立性，受制于地方政府
在现行的财政体制下，基层环保执法部门的工资和福利待遇是由当地政府提供，而不是由国家统一拨款的。而在实践中，地方的重要污染源主要是当地的各类企业，这些环境执法的对象同时又是当地的纳税大户，是解决当地政府的就业压力、增加财政收入的主要力量，因此，这些污染企业往往受到当地政府的保护。俗话说“吃人的嘴软，拿人的手短”，在这种财政体制下，由于环保执法部门人员的位子、票子均受到地方政府的制约，所以基层环保执法部门说话就要看当地政府的脸色行事了，失去自身的独立性何谈坚持环保的原则啊。同时，地方政府又不受上级政府的环保部门的领导，由于缺乏有力的制约力量，而无所顾忌地走牺牲环境发展经济的道路，可见，地方主义的久禁不止也就不足为怪了。
（2）由于受地方财政影响，各地基层环境管理部门发展很不平衡，贫穷地方的环保部门力量薄弱
由于不是由国家统一拨款，基层环保机构的规模与力量往往受到当地的经济状况和当地政府的制约，因此基层环保机构的发展很不平衡，许多贫穷地方的环保执法力量相当薄弱，有的地方甚至都没有环保部门。据悉，2005年底，全国平均每个机构只有1.5辆车左右，300多个县没有执法机构，200多个县的执法机构没有执法车辆，更没有取证设备。然而，如此“贫穷”的环保部门却监管了近30万家工业污染企业、70多万家三产企业、几万个建筑工地，还要面临十分繁重的农村及生态环境监察任务、承担着120多亿元/年排污费的征收工作和6万多件/年的污染事故与纠纷调查处理工作。[10]
另外，据中国政法大学环境与资源研究与服务中心2006年在西部五省开展的环境维权宣传活动中所了解的情况，西部贫困地区的环保局由于资金短缺，人员欠缺，甚至必要的监督用车等办公设备都配备不齐，造成日常的监督工作困难重重。[11]
2．政府政绩考核不合理
现行的政绩考核主要是以当地的经济发展规模和经济增长速度作为衡量的标准，而不考核所消耗的环境资源成本与代价的大小，“经济上去了，啥子都上去了，官自然也就上去了”。因此，许多地区不惜采取“高消耗”、“高污染”牺牲环境为代价的方式来发展本地的经济。近年来，沿海地区产业升级，大量的污染企业转移到了中西部地区，往往造成污染物地区变相转嫁问题。据报道，江西、安徽两省一些地区，为了赶上这一波产业升级的大潮，招商引资心切，不惜以牺牲环境为代价，降低环保门槛，或项目未经环境影响评价就上马建设，或环评报告流于形式，反而成为污染企业的“挡箭牌”。甚至在地方还出现硬性下达招商引资的任务，例如，界首市市委书记每年的招商任务为2000万元，其他市领导班子每人任务为1000万元，各市直单位为1000万元。[12] 可想而知，在这样的政绩考核体制下，势单力薄且受制于地方政府的各地环保部门对于这股畸形的经济洪流如何抵挡得住！
3．环境行政管理部门权威有限
在我国的现行环境管理体制与立法之下，由于受制于当地政府，环保行政部门“权力小”、“手段软”，环保权威十分有限。权力“小”，主要体现在环保部门只有限期治理、停产治理的建议权，而没有决定权，在地方保护主义严重的地区，由于当地政府出于经济的考虑一般并不采纳这种建议，对此，环保部门无能为力。
手段“软”，主要体现在环境处罚的主要手段只是罚款，缺乏查封、冻结、扣押、没收、强制划拨权等行政强制性手段。就连唯一的处罚手段，其可以处罚的数额也受到的很大限制，远远低于污染治理成本。譬如，我国环境立法对罚款大都规定了一个上限，如《
水污染防治法》第
43条第2款规定：“对造成水污染事故的企业事业单位，按照直接损失的20%计算罚款，但是最高不得超过20万元”，就连最新出台的《
固体废物污染环境防治法》也只规定为50万元[13]。在这种“守法成本高，违法成本低”的畸形法制状态下，多数企业往往选择缴纳罚款而不愿意建设治理设施整治污染。据此，有关部门曾统计，我国环境违法成本平均不及治理成本的10%，不及危害代价的2%。[14]
