现实中，一般认为与环境保护有关的事务应有环保部门负主责，而其他部门进行配合，但真正在一线开展环境执法行动的主要还是环保系统，由于得不到其他部门的配合经常出现环保部门唱“独角戏”的尴尬局面。譬如在日常执法中，往往是环保部门单打独斗，该断电的不断电、该断水的不断水、该吊销执照的不吊销，严重影响执法效果。在已初步实施移送制度的15个省级环保部门移送的850件违法案件，涉及工商、经贸、司法和监察等部门，结案率却不足60％。[8]
2．管理机构重叠
这主要是我国机构改革不彻底而留下来的负面效应。由于我国的环境管理体制是从各部门分工管理逐步变为统一监督管理和分工负责相结合的管理体制的，而在这种变化过程中只注意对新机构的授权，而没有顾及或没来得及对原有机构及其相关职能的撤销或合并，于是就发生了某些管理机构相重叠的现象。譬如，在自然保护方面，国家环境保护总局下设置有专门的自然保护司，而国家林业局也设置了野生动植物保护司。
3．管理机构职能的重叠或交叉
据学者的统计，至少存有如下几种类型的重叠与交叉：(1)规划职能的重叠和交叉；(2) 监测职能的重叠和交叉，如国家环保总局和水利部的水资源水文司以及国家海洋局都具有水质监测的职能，而且实际中环保局与水文司的监测结果往往还存在重大的冲突，导致人们无所适从；（3）保护职能的重叠和冲突，如国家环保总局与国家林业局之间都有监督检查各类型自然保护区以及风景名胜区等保护工作；（4）污染纠纷处理职能的交叉和重叠，如发生渔业污染纠纷或船舶污染纠纷时，则依照《
水污染防治法》第
28条的规定，县级以上环保局与渔政监督管理机构或交通部门的航政机关都有处理污染纠纷的职能。
4．管理部门错位，职权分工不合理
依“正义原则”和“效率原则”，科学、有效的管理应当是在分清各部门的管理性质——比如是属于综合性决策管理、行业管理、还是环境执法监督管理——的基础上在各个部门进行合理分工，让每一个部门都只承担最符合其管理目标的职能，特别是不能让其承担与其管理目标直接矛盾或者冲突的职能，依“任何人不能作为自己的法官”的司法精神，要求管理部门不能“既当运动员又当裁判员”，否则容易导致执法“懈怠”或执法的“不公正”。但是，我国在授予有关部门环境管理的职能时往往忽略了这一管理职能分工的科学性原则，具体表现为：[9]
（1）行业管理部门行使了环境监督管理部门的职权，如航空器噪声，铁路噪声分别由民航和铁道部门负责管理控制，而民用航空器和铁路的经营也分别属于这两个部门。
（2）综合决策性管理部门行使了专业管理部门的职权。如国家经贸委（发改委）本是一个综合决策性的部门，而法律又把淘汰严重污染环境的工艺设备的决策权和监督管理权交给了经贸委。而合理的职能分工应当是，让经贸部门和环保部门共同制定资源综合利用，淘汰严重污染环境的落后工艺和设备，其监督实施则只由环保部门负责。
（3）专业管理部门行使了综合决策性部门的职权。如现实中，让环保部门行使了本应属于政府行使的综合决策与综合平衡的职权。
（4）政府行使了其所属部门（尤其是环保部门）的职权。如《
环境保护法》第
29条第2款关于“限期治理”由省、自治区、直辖市、市、县人民政府进行决定的规定，而不是由相应的环保部门行使，这样便为地方保护主义提供了温床。
