5、部分环保非政府组织内部管理水平比较低下。这些环保非政府组织多半在运作中采取因循守旧的工作方式，它们往往依附于某个政府部门，行政化倾向较为明显，内部财务管理、人力资源管理、活动管理等缺乏科学性，甚至财务混乱，成为个别人从中牟利的手段。
6、我国环保非政府组织的国际化程度不高。当今世界环保非政府组织全球化的趋势已经非常明显。然而，我国的环保非政府组织在这方面还做得很不够。一方面，我国具有国际影响力的环保非政府组织非常少。另一方面，我们的环保非政府组织在响应国际社会方面也往往十分欠缺。
三、我国环保非政府组织的成长与完善
基于以上的分析，笔者认为，应从一下几个方面促进我国环保非政府组织的成长和完善：
1、制定统一的《非政府组织法》，明确非政府组织的权利义务，促进和保证非政府组织的发展健康。
2、取消要求环保非政府组织必须有主管单位的不合理的限制。环保社团是一个自治性的组织，社团登记管理机关应当是环保社团的唯一管理机关，不应在法律上再为其规定一个业务主管机关。同时，由于公益法人从事的事业事关公共利益，各国均对其设立规定了较严格的准入条件，采取许可主义，除须符合法律规定的要件，还须由政府机关对其设立进行审核批准。在批准成立时，由社团登记管理机关依《非政府组织法》的明确规定，对其严格审核，并在其成立后对其活动进行监督，以防以公益为名行不法之实，影响环保非政府组织的社会声望。
3、保持环保非政府组织的独立性。我国环保非政府组织要发展壮大，乃至成为自然权利的称职的“代理人”，就必须保持自己的独立性。既要独立于企业，也要独立于政府，其对政府的关系就要保持一个超然的立场和批判的态度，从单纯的注解政策到敢于评议政府，既要支持政府的正确作法，也要批评政府的错误行为。
4、完善内部治理结构。良好的外部环境只是为民间环保社团的发展提供了契机和空间，环保社团要想生存且积极发挥公众参与的作用，更多的是要依靠自身的完善和提高。强化环保社团的自律机制，在社团管理中将他律和自律，外在约束与内在约束结合起来，强化社团内部管理，加强内部制度建设，建立以社团章程为主的内部管理机制。为了使工作和资源应用更有效益，清楚责任的分担，应制定一套管理规定和工作程序指引。例如：财务管理、项目的规划、活动的编排、接受捐款的规范、对外宣传的内容管理、跟媒体沟通的程序、办公室物资设备的管理、接听外界查询的响应程序等。一个社团的运转不能依赖人治，合理的社团内部制度不仅要对会员负责，而且要对公众和捐款者负责，因此必须要推行制度管理。
5、完善环保非政府组织的资金筹集渠道的法律。环保非政府组织的活动经费可以来源于多种途径，有政府资助、民间捐助、成员缴纳会费等方式。除了我国1988年颁布的《
基金会管理条例》规定了一种环保非政府组织即环保基金会的筹资和管理外，我国目前对公民直接捐赠给非基金会的环保社团的情况，并无法律规定；同时，还应对环保非政府组织从事营利性活动给予税收等方面的优惠，并且也应对政府资助环保非政府组织的情况做出法律规定。
