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具体而言，登记主管部门与业务主管单位各自从不同角度对非政府组织进行监管。前者负责非政府组织的成立、变更、注销的登记或者备案；实施年度检查；对非政府组织违法行为给予行政处罚。后者则负责非政府组织筹备申请、成立、变更、注销登记前的审查；年检初审；监督、指导非政府组织遵守法律并依章程开展活动；协查违法行为；指导清算事宜。
我国对非政府组织采取加强管理的政策，实际上是转型时期解决社会矛盾的必然选择。作为政府管理社会行政事务的职能部门，民政部门在民间组织的管理工作中是把“确保稳定”作为头等大事。尤其是少数非法组织，包括近期遭到严厉打击的邪教组织，对社会政治稳定构成严重的威胁。这使得政府对民间组织的重视程度得到前所未有的提高。再加上我国的民间组织种类繁多、数目庞大、范围广泛，仅靠民政部门进行管理显得力不从心，因此实行“双重负责管理体制”也就成了顺理成章的事了。
在这种管理体制之下，我国环保非政府组织存在的主要问题是：
1、独立性差。在双重管理体制之下，环保非政府组织与政府组织的界限不明确，导致政社不分。我国环保非政府组织的成熟度总起来说比较差，还不能完全摆脱对政府行政机关的依附，“官方”色彩太浓，很难形成在环保问题上对行政部门的制衡力量。
2、对环保非政府组织管理的法制化较低。一方面，立法工作滞后于非政府组织的发展，有关非政府组织的法规还不完善、还存在不少问题。另一方面，我国非政府组织立法的层次和质量不高，一些具有法律效力的条例之内容侧重于登记程序，不仅与其它法规衔接性差，而且在具体问题上缺乏可操作性。更为重要的是，我国还没有真正完整的非政府组织管理法律文本，有关的非政府组织登记管理条例实际上都称不上是完整的非政府组织法。此外，对于不同类型的非政府组织，我们目前则缺乏这方面的配套法规。这些情况说明，我国非政府组织管理的法制化程度还相当低，跟发达国家严密的非政府组织法律体系相比，差距相当远。
3、环保非政府组织的发展受到的限制过多。特别是规定设立社团需要有业务主管单位很不合理。随着我国政府体制的改革，大量的行业主管部门被精简，且很多行业行政管理部门并不愿意过多的为新成立的组织担保，这种情况下，很多的社团申请者因为找不到主管单位而不得不放弃设立申请，对于那些执著的，则有可能采取变通的办法，设立成公司。比如较为典型的环保组织“地球村”因为注册时找不到业务主管单位，但是为了成立只能注册为公司，而这对于一个实际上属于社团的组织来说，它并不是一个合法运作的公司，并且不营利也必须按照公司企业的规定纳税，这就将环保组织置于非常尴尬的境地。所以，要求社团申请者必须找到业务主管单位的条件成为一个严格而不合理的障碍，将很多的社团拒之门外。
4、环保非政府组织的公民基础薄弱。在计划经济条件下，非政府组织被完全行政化为政府或半政府性质。所以，公民的非政府组织意识并不是十分强烈，对非政府组织缺乏足够的认识。以环保志愿者队伍为例，我国除了国营企事业单位和居委会发起组织的之外，几乎没有真正的完全民间化的志愿者队伍。计划经济所造成的单位人现象，至今仍然存在。非国营企事业单位往往不注重组织员工参与社会的活动，所以这些单位的员工甚至完全远离社会的公益事务。农村社区在团委和村民委员会工作比较薄弱的情况下甚至几乎不组织什么环保活动，环保非政府组织在那里成了空白。
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