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环保非政府组织在国际诉讼过程中也日益发挥着重要的作用。它可以作为诉讼方或法律顾问参加国际诉讼程序。国际法院现在只在有关咨询意见的案件中允许国际组织参加诉讼过程，但在涉及到诉讼程序(contentious proceedings)时，法院规约规定法院只能听取有关公共国际组织的意见，而根据规约规定这类组织是指政府间国际组织。但现在国际非政府组织对国际法院也有一定影响，如在有关核武器和多瑙河水力发电的案件中，非政府组织一度表现得非常积极。在前案中，非政府组织是推促争端一方向国际法院提出诉讼要求的重要力量；在后案中，非政府组织被视为当事一方的重要说客。在当代，一些应由国际法院处理的问题已经分散到了高度专业化的新机构之中，如1960年欧洲人权法院开始动作，1982年《联合国海洋法公约》建立了海洋法国际法庭，1995世界贸易组织引入了新的争端解决机制。这些专业化组织对国际非政府组织更为开放。在地区性的人权体系中如在美洲和欧洲的人权领域，国际非政府组织在诉讼过程作为法律顾问非常活跃。例如欧洲人权法院起初不愿意接受国际非政府组织提供的信息和意见，但后来逐渐允许国际非政府组织的参与，并修改了有关规则，为国际非政府组织向法院提供意见创造了明确的法律基础。在修改规则后，从1983年到1995年，法院在26个案件中接受了37个国际非政府组织的有关意见。
在政府间国际组织的争端解决机制中，国际非政府组织也经常作为法律顾问参加有关争端解决过程。如在1998年“海――海龟案”中，美国为保护濒危动物海龟，研发出海龟隔离器，并颁布国内立法，禁止从那些捕虾船上没有安装海龟隔离器的国家进口海虾，引起印度、马来西亚、泰国等海虾出口国的不满，在与美国磋商不成的情况下，1996年10月，印度、马来西亚等四国就美国以保护海龟为由禁止进口某些虾和虾制品向世贸组织提出申诉(海龟是1973年《濒危野生动植物物种国际贸易公约》所列的濒危物种)。WTO专家组裁定美国的立法有悖于世界自由贸易规则，对多边贸易体制构成了威胁。由于专家组在初审报告中贯彻了WTO“自由贸易优先”的一贯主导思想，在国际环保领域引起了轩然大波，包括绿色和平组织、WWF等在内的世界各大环保非政府组织高度关注案件审理全程，并通过各种渠道对专家组的裁决提出尖锐的批评，WTO争端解决机制遭到诸多非议和质疑。该案的争论点之一是：专家小组和上诉机构能否接受和考虑一些环保非政府组织主动提出的技术、法律和政治意见?根据世贸组织《关于争端解决的规则及程序的谅解》第13条的规定，专家小组有权从其认为合适的任何个人或机构“寻取”资料和技术性意见，但它从某个成员管辖范围内的任何个人或机构寻取资料前，应通知该成员的主管当局。据此，专家小组在1998年5月发表的报告中认为，接受非政府组织未经请求提供的资料与该条规定不符。但是，同年10月上诉机构报告作出了不同的解释：无论是否经过请求，上诉机构和专家小组都可以对接受或拒绝向它提供的资料和建议行使自由裁量权。上诉机构这个不无争议的解释，打开了非政府组织参与世界贸易组织争端解决程序的方便之门，并将从信息来源、举证责任等方面对世贸组织的争端解决实践产生影响。
此案反映出传统的“威斯特伐利亚”体制下民族国家之间(inter－state)国际法体制的局限。此前的国际法和国际秩序几乎是完全以民族国家和政府间国际组织为主体和主宰的，体现的是主权国家的意志，只有主权国家才可以参与国际事务的谈判和决策，这种权力为国家所垄断，非政府组织和民间社会无权参与。
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