（三）其他部门工作过程中的协调职能
执行过程中的协调主要表现为对于具体环保事务的分类支持和协调。如指导、协调和监督海洋环境保护工作。牵头负责生物物种资源（含生物遗传资源）的管理工作。对于跨界性环境问题的指导和协调解决，如协调各地方、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题；协调省际环境污染纠纷；组织和协调国家重点流域水污染防治工作。对于国际性合作中的协调，如管理和组织协调环境保护国际条约国内履约活动，统一对外联系；管理环境保护系统对外经济合作；协调与履约有关的利用外资项目。
（四）小结
环保总局职责内容中我们可以看出，国家环保总局负责了如规划编制的“组织”工作，全国范围内的生物物种资源的“牵头”工作，省级环境污染纠纷的“协调”工作，“协调”国家重点流域水污染防治工作等等。这些带引号词语的运用大都含有理顺各部门在环境保护管理工作中的组织关系，均衡各部门之间的利益的意思。符合前面所表述的协调机构的职能，所以在我国专业的环境保护管理部门，即国家环保局，不但作为国务院的职能部门承担了专业环境保护的工作，也承担起了全国环境保护工作的协调工作，既包括了宏观上如制定国家环境规划等方面的协调，也包括了微观上如污染控制等方面的协调。而且还担负了指导和监督其他行政管理部门的环境保护管理工作。
四、国家环境保护总局的协调职能的缺陷
（一）行政地位的不利
国家环保总局的地位限制了其作为一个宏观性协调机构的作用，从而影响了国家对宏观性环境问题的协调效率。国家环保总局属于国务院的直属局，而不是国务院的组成部门。与国务院的各部委还是有差别的。从组织设立和变更来看，我国的环境保护总局属于国务院的直属机构，是由国务院自主决定设立的，与其他部委的设立程序有所不同。《
国务院组织法》规定，“国务院各部、各委员会的设立、撤销或者合并，经总理提出，由全国人大代表会决定，在全国人民代表大会闭会期间，由全国人民代表大会常务委员会决定。…国务院可以根据工作需要和精简的原则，设立若干直属机构主管各项专门业务。”由此看来，专门的环境保护部门的地位和稳定性不如其他部委。
在微观层面的职能，如法律规定的“指导、协调和解决各地方、各部门及跨流域的重大环境问题。”国家环境保护总局也难以胜任。实践中，不难发现国家环境保护总局对于跨部门、跨地区、跨流域的重大环境政策和环境问题协调解决不利的情况。这种涉及国民经济全局和不同部门以及跨流域、跨地区重大环境决策和环境问题解决的协调确实应当放在更高的决策层次，或者由综合决策部门进行，或者设立跨部门的议事机构处理。从以上的论述可以看出，我国现行的环境管理体制以国家环保总局的集中协调为主，并建立了一些制度予以保障，但是协调的实效因国家环境保护总局的地位将大打折扣。
