对于事实证据存在疑问和瑕疵的案件，法院如果严格按照“疑罪从无”的原则和自己的理解作出判决，需要面对检察机关的巨大压力。如果法院将检察院起诉的案件认定为无罪或他罪，那无疑就是为检察院制造了一个错案，检察院随时可以启动法律监督程序来对抗法院的判决，甚至可能动用侦查权来对承办法官的职务行为进行调查。对于检察院的抗诉，法院尚可以寻求上级法院维持原判来保护自身判决的权威性；但对于检察院对承办法官个人的侦查行为，法官只能束手待缚，即使最后能够证明自身的清白，时间、精力和名誉的损失也无法弥补。

　　相反，如果法院为了避免检察院带来的“麻烦”而简单地按照起诉书的指控作出判决，则会面对社会、良知和上级法院的多重压力。法院作为社会矛盾的终极解决者和裁判者，所作出的判决要接受全社会的检验，如果出现案件处理结果明显不公、与包括当事人在内的公众期待存在较大差距的情况，则很可能要面对被质疑和谴责的社会压力。在法院的公信力不强的现实中，因为个案处理不当而受到冲击只能进一步减损法院的权威性。当然，即使不存在这种外在力量，法官应当具备的法律知识、技能以及公平正义观念也不允许枉法办案。如果过分考虑检察院的压力而将无罪定为有罪或者加重对于被告人的处罚，法官个人将承受内心良知和基本职业道德观的拷问。从更现实的角度讲，当案件处理存在问题而被告人提出上诉时，一审法院和承办法官还要面对二审改判发还的风险，因为事实不清、证据不足而被定为错案，不管是被人纠正还是自我纠正，对于一审法院和法官都是不愿意看到的结果。

　　在这种两难的境况下，法院动用一切可能的方法来缓解压力、规避风险。比如，不管是作为整体的法院，还是作为个人的法官，都会注意处理好与检察院和检察官的关系。承办法官对于认为存在问题的公诉案件，更多地倾向于通过个人或者领导的沟通协调来动员检察院撤诉、补充起诉、变更起诉，而不是简单生硬地、正式地、书面化地去履行法定的“审查权”和“建议权”。对于审理中发现的问题，一审法院也常常向上级法院请示汇报，试图以上级法院的权威来对抗同级检察机关，同时避免因检察院抗诉成功而给法院带来的尴尬局面。一些重大疑难案件，法院的理解和认定如果与检方不一致，还可能向政法委进行汇报，由后者召开公检法联席会议进行协调。表面上看，法院采取的这些措施和方法在一定程度上是有效的，实践中确确实实解决了很多棘手的问题，但在这一过程中，司法公正的基石也随时可能受到动摇和侵蚀。