1、制订了一系列的环境标准。有关生活环境的有BOD、COD、DO等环境标准。为了防治富营养化，对湖泊又制订了总氮和总磷的环境标准。对含汞底质和含PCB底质，规定了暂行消除标准。“一律标准”(国家规定的排水标准)，对锦、氰等24项影响健康项目和16项生活环境项目规定了标准值。
在污染源较集中的水域，有些地方还制定了较“一律标准”更严格的标准(追加标准)。
2、对某些特殊区域实施排水总量控制。对于因人口和产业集中的区域，以及大范围向封闭性水域(湖泊、内湾、内海)排放大量生活污水或产业污水的地区，引入了排水总量控制制度。
3、建立了无过失赔偿责任制度。事业单位因生产活动排放有害物质，造成了危害健康的灾害时，应负赔偿责任。
4、建立完善的水质监测体制
（1）加强公用水域水质监测。依据水质污染防治法，都道府县首长及政令市长负责公用水域水质的日常监视所需费用，而环境厅则负责有关编写监测计划费用和公用水域水质检验的费用。
为了加强公用水域水质的日常监测，在公用水域的重要地点设置自动水质监测器，截止到1995年底，已设置165处自动水质监测器。
（2）重视排水水质的监视。依据水质污染防治法，都道府县首长及政令市长为了监视工厂和事业单位遵守排水标准的情况，必要时要求工厂和事业单位上报污染情况报告或者进行检查。
5、加大生活污水的处理力度
6、加大基础设施(下水道)的建设力度。在完成下水道建设计划的同时，日本政府还实施了市区的污水净化示范项目。
7、重视地下水资源的保护。1989年6月，日本再次修改
水污染防治法，增加了禁止含有害物质的水渗入地下，以及都道府县首长等日常监测地下水等措施。并对都道府县首长的日常监测地下水质的费用，制定了补助制度。1996年2月，环境审议会又提出了“有关防治地下水水质污染的水质净化对策的办法”，并据此修改
水污染防治法，该法于1997年4月1日正式施行。
虽然琵琶湖水质因此而得到相应的改善。但是，由于该规划第一阶段（1986-1990年）和第二阶段（1990--1995年）确定的目标都没有实现，所以水质还是没有根本改善。
