由于环保部门掌握着排污权的分配指标和交易方式，一旦权力参与排污资源分配，权力寻租就难以避免。有些企业干脆省略了“买”这个步骤，直接进行政府部门公关，在他们看来，这种公关成本要比从市场上购买排污指标的成本要低得多。而一些政府部门也往往不会放弃借此时机获得的交易利益，不会完全放弃一些配额交易的权力。因此，权利寻租大量存在。排污权名义上是公共资产，但是由于企业的初始排污权由管理部门分配，实质成了管理部门的权力资源，这就使得排污权交易的规范建立在管理部门以及相关负责人的“廉政自律”之上，这显然是一种充满风险的制度。另外，“地方保护”也是困扰排污权交易的障碍。在一些地方政府的眼中，限制排污就等于限制生产，出于本地经济利益的考虑，政府就会默许企业偷偷增加排污量。
　　
　　三、排污权交易的制度构建
　　
　　排污权交易制度的构建应该主要包含排污权的分配、排污权的交易、排污权交易的限制三个方面的内容。其具体的方案如下：
　　
　　（一）排污权的分配
　　
　　排污权的初始分配方式主要有三种：无偿分配、拍卖和奖励。对于我国排污权的分配，笔者以为可以考虑以下的思路：政府按照企业的规模及行业平均污染指标来确定各污染企业的排污权的分配。在征收排污税的情况下，可以直接定量分配；如果不收排污税，可直接让企业配额购买，可以少买，但不能多买。各企业排污税征收应该和排污权配额购买的价格在统一水平。将排污权资产化可有效激发企业降低污染排放的积极性。
　　
　　（二）排污权的交易
　　
　　企业分配或购买的排污权，可以在企业之间自由交易。如果，市场上没有出现排污权的买家，政府可以原价赎回。这样，可以有效保证市场上排污权的最低价格，以此充分调动企业降低排污的积极性。
　　
　　在这个过程中，要建立排污权交易市场制度。建立排污权交易市场是排污权交易体系的核心，允许排污权像商品那样被买进和卖出，企业进入市场自由交易排污权，排污权的价格由市场决定，必须坚持竞争和公开、公平、公正的市场规则，禁止非法交易或幕后操纵。政府环境管理机构进行排污权交易操纵时，按照透明化原则公开有关的政策信息，对出现的重大问题及时作出反应。
　　
　　（三）排污权交易的限制
　　
　　对于排污权跨地区交易，如果该交易将导致排污权购买企业所在地的污染排放总量超越环境承载力，对该次交易的排污总量应该予以减少到地区污染排放的环境承受力之内。以此防止排污权交易导致的地区污染转移和环境的不平衡。

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