另外，排污权分配难以做到公平公正。企业排污存在地区差异、行业差异和时段差异，很难有效界定一个统一的排污权指标。中国领域广大，各个地区的企业技术水平存在较大差异，企业排污水平也有较大差异，不利于全国统一。各个污染行业的排污水平也存在差异，不同的行业在地区环境承载力中所占的份额不同，其排污权指标的确定也应该有所差异。随着地方经济和行业产业的发展，在不同的时段，地区的排污水平和行业平均排污水平都是不断变化的，这就要求在不同的时段，及时调整和完善排污权指标，以准确界定排污权的资产化水平。这些工作都需要耗费巨大的成本来完成这些复杂而困难的技术工作。这些技术问题如果不能有效的解决，排污权制度将永远是空中楼阁。
　　
　　（二）建立排污权交易制度的制度障碍
　　
　　排污权是一种市场化的交易手段，这种市场化是以排污权能的准确界定为前提的。目前，我国对许多企业的排污口监管不到位，在排污口未设立相关检测设施。目前很多单位没有安装污染排放连续监测系统，或者污染排放连续监测系统运行情况并不理想，很多处于停运状态。完整、精确的排污信息是有效实行排污权交易的关键所在。只有当排污权交易的量与实际排污量对应起来，才能真正确保实行排污权交易的目的。准确的数据是交易的基础，因此，企业要安装先进的在线监测装置，只有这样才能确保数据的准确性，有利于环保主管部门掌握更可靠的信息来提高排污权交易的管理。
　　
　　同时，许多企业不同程度的存在偷排的情况，如利用节假日、夜晚、洪水经过时段排污。这将产生排污权假交易，并大大降低了企业购买排污权的积极性。因为对各企业的排污进行一一盘查，需要耗费巨大的成本。而一些企业在企业设立之初建立的排污口之外，偷设新排污口进行排污。如果不能有效的使企业排污数量的精确化、定量化、公平化，排污权交易制度的建立就会缺乏相关制度支持，使排污权制度无法施行。
　　
　　（三）建立排污权的外部环境障碍
　　
　　排污交易市场不规范。在排污权交易制度的设计过程中必须充分尊重市场的主导地位。政府也应顺应市场经济的要求，加快转变政府职能，将工作重心由直接的行政控制转变到努力培育排污权交易市场、为市场服务上来。我国目前还没有建立起成熟的排污权交易市场机制。目前，中国的排污权交易还不完全是一个自发的市场行为。排污权交易过程摆脱不了政府部门的强力干预，仍有可能出现以政代企的行为，对重点企业尤其是国有企业运用行政手段加以扶持和干预。政府过多的参与，影响排污权交易的公平、公正、公开。

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