本案中由于第二被告为追加的被告，故而甚至没有对鉴定机构加以认可。法院又认定原告申请的鉴定结论属于原告提出的证据，只有在证据交换的时候才能提供给被告方，也就是说被告方只有在证据交换后才能开始对其进行研究，对被告方极其不利，难以反驳其鉴定结论。
（七）举证难度大
由于环境污染损害后果都是在污染发生一段时间后才显现的，而且海洋水域是流动的、变化不定的，因此等到事后取证早已时过境迁。加上群众缺乏证据保全意识，等到取证时，有的证据早已灭失。
故而海域污染事件的发生具有很强的时间性、流动性，一旦污染发生，污染物与海水结合扩散，加之海域的辽阔与监视手段的限制，要在第一时间取得海域污染证据及控制污染变得极其困难，加之各种不同污染物种，第一现场和第一手证据在以往是几乎没有的。就是有，也难确定真正的损害程度，即具有量化上的困难。这就需要依赖一些常规的检测、监测手段、数据、模型来推论损害程度。而此种推论在证据效力上、准确性上都难以保证。
本案由被告方举证因果关系，“污染”（假定存在）到底对损害结果有多大的作用，难以量化。如果由此导致被告方要对全部的损害结果负责，真正的损害程度往往又难以确定，原告往往肆意扩大损害结果的认定，最终导致被告方的赔偿额超高。尤其在本案中，所谓的污染，是由于疏浚工程吹填泥沙导致海水混浊度上升，这是一种物理作用，短暂的时间过后，泥沙沉淀，所谓的污染就不存在。但是现在，对于当时的“混浊度”指数，沉淀具体所需时间，影响海域的范围等都因为已经沉淀，污染不复存在而难以取证。
三、海域环境污染案件应重而视之
（一）数量激增
过去由于海域污染的受害者大多数是渔民，高昂的诉讼费、律师费、鉴定费用使他们难以支付，此种案件的诉讼过程又往往持续数年，加上社会与政府都尚未重视，故而此种案件并不多见。但是目前这种局面发生变化，此种案件激增，对此形势，我国司法界和法律界，对内河、尤其是海域污染案件应重而视之。
2005年大连海事法院受理案件总数已突破2000件，比2004年上升了33%，成为全国第一个年收案超过2000件的海事法院。据中华环保联合会的不完全统计，我国每年约发生两千多件环境侵权案件，其中，重大环境侵权案件约占3%，特大案件约占1%，而且呈逐年增加的态势。
（二）社会影响巨大
随着全社会环保意识的增强，社会各届对于大规模的海洋环境污染事件非常关注。本案的处理不仅仅受到大连海事法院的高度重视，在立案之初就已经被多家媒体广为报道，甚至已经得到大连市政府领导的关注。这样的社会影响一方面会对作为所谓污染方构成无形的压力和调查取证的困难；一方面无疑对案件法官产生巨大的困扰和影响力；最重要的一个方面影响是会有损于施工方的企业形象和评价，不利于施工方今后的发展和其他重点项目，尤其是国家形象工程的承揽。同时此种案件往往涉及一个地方社会之稳定，政府的形象，又是全国乃至世界关注的焦点――环境问题。故而，此类污染案件不论从下层抑或上层的角度，社会影响都巨大而持久。
（三）法制不断健全
随着现代社会环境意识的不断增强，民商法的价值取向由个人权利本位向公共利益、诚实信用和公序良俗等原则约束的社会本位过度，这一潮流也促使作为民商特别法的
海商法增进环境意识，强调保护海洋环境，使历史悠久的
海商法不断的改变和进步。与强调环境责任相适应的是海洋运输的经济基础的发展变化，即船舶建造、通讯等相关技术的提高，一系列国际海事防污染法规的实施，而环境侵权法领域确立的“共同环境责任原则”、“污染者付费”等立法思想逐步被国际社会所接受，也为更好的发展
海商法提供了条件。
