数量众多的原告给案件的处理带来困难。一种方式就如同本案，分别立案。这使得被告不得不面临663份几乎一致的诉状，出具663份答辩状，疲于奔命的去法院领取陆陆续续的新增诉讼的法律文书。另一种方式更受法院青睐，即“代表人诉讼”，按照《民诉法》第54、55条的规定，也应使用代表人。但是从实践看代表人制度问题极大：首先，提起诉讼难。利害关系当事人众多还要提交证据，其组织过程非常繁杂；其次，由于起诉困难，也导致受害人难以提起海事请求保全；再次，由于代表人诉讼分为人数确定的代表人诉讼和人数不确定的代表人诉讼，代表人的权利限制过多，造成案件审理程序延滞；最后也是最大的问题，就是利益分配困难。海事法院为增加年受案量往往也倾向于分别立案。
　　
　　为方便诉讼，提高效率，并确保公平，我国应对代表人诉讼制度进行一定的完善，以利简化海事污染损害赔偿这样往往涉及大量受害人的损害赔偿案件的诉讼和合理公平的利益分配。
　　
　　（三）侵害主体与受害主体具有不平等性
　　
　　致害人通常是具有特殊经济地位及能力的企业,受害人往往是一般的且总是处于弱势地位的普通公民。[11]很多具有严重污染风险的企业，就是在地方政府的领导和组织下立项上马的，地方保护主义一直是环保执法遭遇的困难。
　　
　　但是，正是由于这种不平等性，往往使得此类案件成为媒体、社会关注的焦点。这样往往会对法院和法官造成相当程度的压力，判决反而会倾向于受害人。本案神速的立案正是由于原告数量众多、社会影响巨大，并且胁以到市政府上访，使得案件处理关系到社会的稳定。有关报道称：“大连海事法院领导非常重视，主管院长要求立案庭在认真做好稳定当事人情绪工作的同时，要快速、高效地做好审查立案工作。”“立案庭全体同志加班加点，?，及时、快速完成了622件案件的立案审查工作，并将案件迅速移交审判庭，现已进入证据保全和污染鉴定阶段。避免了群访的发生，维护了社会的稳定。”[12]
　　
　　长江航道局是在招投标的过程中，中标而得获此疏浚项目。长江航道局总部位于武汉，而具体施工的长江南京航道工程局又位于南京，距离大连都有一段不短的距离。作为第二被告的长江航道局，不但不可能享受所谓的“地方保护主义”，甚至有可能成为“地方保护主义”的牺牲品。
　　
　　本案关系到大连的社会稳定，案件涉及到大连当地众多养殖户的切身利益，本案的第一被告大连市港口公用设施管理中心在招标文件以及与第二被告签订的合同中都明文规定所有的环境污染由施工方承担，含于报价之中。案件立案之后，又追加“南京航道局”为第二被告，一旦第一被告和原告达成妥协或相互串通，施工方将陷入极其被动的境地。更何况前期的鉴定，是由原告和第一被告进行的，当时第二被告尚未被追加。尤其在跨国案件中，我国施工方承揽他国的水利工程等项目，一旦作为第二被告，被动性不言而喻。
　　
　　（四）侵害过程具有缓慢性
　　
　　海洋污染侵害行为不会因侵害行为的停止而立即停止,往往需要通过广阔的水域和时间的延续在多种因素复合、积累后才能逐渐暴露侵害的结果。这不仅使得被告因果关系的证明变得更加困难，也使得被告对于此种诉讼往往缺乏预见性。其诉讼时效长于一般的民事诉讼，为三年。[13]
　　
　　这就要求施工方对于已经完成的有些项目的资料要妥善保存，以免事隔多年后涉案，证据无从获得，陷于被动和不利的局面。这对于原告方搜集证据，证明其受到损失的大小，也提出挑战。
　　
　　（五）损失的赔偿额超高

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