（四）设立三级流域管理总局
三级流域管理体系的构建具有其一定的特殊性。一方面，三级流域管理体制仍然遵循“总局→局→分局”的纵向垂直型管理模式进行构建，保持与整个流域管理体制的浑然一体。而另一方面，基于我国水系分布中三级流域数量众多且分布较为集中的特点，笔者认为，可以吸收我国现行铁路交通管理模式的经验，即，打破行政区划的束缚，在三级流域分布较为集中的地区设置流域管理局，并在该地区周边，依照流域分布情况设置流域管理分局划归流域管理局统一领导。于此，在全国范围内建立起以若干流域管理局为“中心”，以多个流域管理分局为“四周”，管理职能由“中心”向“四周”扩散的辐射式三级流域管理体系。
（五）建立独立的流域财政体系
流域管理体制的形成必须以独立的财政体系为支撑，而目前的流域管理工作中之所以存在诸多不尽人意之处，究其原因，一方面是由于流域管理体制设置中存在问题，另一方面则根源于现有流域财政体系的不合理，即，“部门管理与地方行政区域管理相结合”的管理模式导致流域管理对地方财政存在依赖，而一旦财政上依赖于地方，流域管理的综合决策就容易受到地方利益的牵制，从而很难全面发挥其流域保护的整体性功能。因此，必须建立起一套科学合理和相对独立的流域财政体系，彻底消除地方政府及其部门对流域管理的干扰，保障流域管理综合决策的做出与执行能够真正地从流域整体利益的角度出发，进而实现流域管理职能的独立行使。
结合以上对我国流域管理体制的构建，我们可以看出，若要对一项体制进行完善，就必须彻底根除其内部存在的积弊。但这只是体制内的方法，我们还需要运用一种体制外的强制性手段将其变革后的成果固定下来，而立法手段则能够在此大显身手。
三、流域立法的完善
在理顺流域管理体制之后，流域立法应发挥其功能性作用，为环境管理体制的完善提供法律保障。但是，由于我国现行的流域管理立法自身存在着诸多问题，因此必须对其进行完善。目前，我国环境保护法律体系中，对于流域管理的规定最具代表性当数2002年修订的新《
水法》。《
水法》中明确规定了一级流域管理机构的设置，以及流域管理机构的监测权、工程可行性报告和环境影响评价报告的审查权、水量调度预案参与和水量分配批准权、二级流域管理机构的综合规划编制和水功能区划参与权等多项权力。但是，这些规定并不足以支撑起一套完整的流域管理法律体系的建立。
