2.跨行政区域管理的方法。
　　
　　通过跨行政区域管理来保护生态系统，是生态系统结构多样性和功能多元性的要求，也是整合生态系统保护和区域综合管理的体现。如地跨数行政区域的黄河流域、长江流域、珠江流域等生态系统区域保护就广泛地采用了跨区域管理的方法。具体来说，跨行政区域管理的方法不仅表现为流域内各级不同行政辖区的街道办事处、国有农场、林场和渔场之间的协调和合作，而且表现为县、市一级主管部门之间的协调和合作，甚至是省一级政府之间的协调和合作。值得注意的是，跨行政区域管理并没有一个固定的模式。实践中，要根据政治体制、区域政府行政能力、文化历史背景、资源习惯利用方式和传统管理模式等多种因素做循序渐进的机制安排，包括法律、法规、地方规章和政策的安排，上一级行政首长领导下的协调机构安排，以及区域政府之间长期或短期的协调和合作机制安排。立法应当注意吸收地方的成熟经验，用法律法规来固定习惯性的或短期的机构安排。对于一些具有特殊保护价值的跨区生态系统，甚至可以通过设立专家委员会和生态系统合作管理委员会来处理其保护问题。[12]
　　
　　3.科学研究与管理制度相结合的方法。
　　
　　现代自然科学研究为生态系统的保护奠定了坚实的技术、理论基础，也为生态系统的管理制度提供了切实的方法论指导。生态系统管理（不管是法律层面还是政策层面）不同于一般的社会管理活动，其出发点是现代自然科学的研究成果，其终极目标也是为了实现其与自然生态规律的协调一致。正如著名环境法学教授Nicholas A. Robinson所说，“不管阐述一个湖泊水体富营养化过程状况的是政府间气候变化专门委员会还是当地水文学家，法律措施都必须建立在对湖泊周围环境状况进行最科学勘测的基础上。”[13] 实践也证明了这一点，建国初期，国家为了发展经济，不惜一切代价开发、利用自然资源，这种“产权”式的管理方式忽视了自然资源的生态价值，最终造成了极其严重的生态破坏。而清洁生产、功能区划等建立在科学研究基础之上的现代生态系统管理制度则实现了经济、社会与环境的和谐统一。因此，只有建立在科学研究基础上的生态系统管理制度才是最为合理、有效的管理制度。
　　
　　4.行政手段、市场手段和公众参与相结合，侧重公众参与的方法。
　　
　　行政手段、市场手段和公众参与相结合是综合生态系统管理的重要方法。在传统的资源管理方式中，行政手段和市场手段起主导作用。但是，在经济、社会、环境管理活动中，行政手段和市场手段也逐渐地暴露出了许多弊端，“政府失灵”和“市场失灵”带来了严重的后果。在这种情况下，人们开始关注如何科学、合理确定和有效实施政府与公民、行政控制与市场控制之间的界限及其有关的职责、权益和行为，[14] 于是，“第三种调整机制”——公众参与的方式便应运而生了。公众参与的方式是社会法部门兴起与社会调整机制变革的重要产物，对于克服行政手段和市场手段的缺陷有重要的补充作用。而且，在现代生态系统管理中，公众参与方式也是现代民主与法制的重要体现，其将越来越成为重要的管理手段之一。

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