2008年3月，第十一届全国人民代表大会第一次会议通过了
国务院机构改革方案，在这次改革中，国家环保总局被改为环境保护部。我国目前的行政体制改革方向是探索实行职能有机统一的大部门体制，环境保护部的职能与原国家环保总局相比应该得到进一步的增加。水行政管理中遇到的很多问题都是系统性的，整体性的，比如湿地保护、水体的富营养化这些问题涵盖了传统的环境、资源、生态问题，都是比较复杂的，不可能仅靠对水污染进行治理得到解决。由环境保护部门来管理显然比水利部门管理更为合适。因此，笔者建议在中央一级，将环境保护部污染控制司水环境管理处、饮用水源保护处、重点流域环境保护处及水利部水资源管理司合并为环境保护部水务司或者由环境保护部代管的国家水务局，对内陆地区的地表水与地下水实施统一管理。在地方，将各级人民政府的水行政主管部门的水资源管理机构、建设部门的城市污水处理机构，划归给环境保护主管部门。
（二）建立完善统管部门与分管部门之间的协调机制
中国环境与资源行政管理中职能重叠或虚置、决策不协调或不联合的状况，已经基本被认同为其是环境与资源法律实施的最大的障碍之一[14]。
我国现行的水行政管理体制可以被认为是一种相对分散的管理模式。相对分散又称为协同管理，指专门的环境管理机关同其他享有环境管理权限的机构共同分享环境管理权限，专门的环境管理机构和其它机构地位平等或低于其它机构[15]。
将分管部门的职能最大限度的收归环境保护部门，将相对分散的管理模式改变为绝对集中管理模式当然可以使行政效率得到提高，但这种完全破除现有制度的做法是不现实的，比较现实的做法是将现有的相对分散管理模式变为相对集中管理模式，建立一个水务方面的议事协调机构如水务委员会，由环境保护部门与分管部门参加，定期举行联席会议，联席会议由环境保护部门主持召开，办事机构设在环境保护部门之下，统一解决水务管理中出现的问题。同时在《
水污染防治法》和《
水法》中以立法的方式对这个协调机构的职能地位予以规定。
（三）加强流域管理机构的职能
