（三）流域管理制度存在许多不完善之处
虽然修订后的《
水法》和《
水污染防治法》都对流域管理机构做出了一定的规定，但我国的流域管理制度还存在以下问题：
1、从性质和法律地位来看，现有的七个流域水资源管理机构是水利部的派出机构，虽然拥有一定的行政职能，但其并不属于行政机构，而属于事业单位，地位较低，缺少较为独立的自主管理权，难以直接介入地方水资源开发活动利用与保护的管理。流域管理机构在人员管理上政事企不分，人员和编制混用，造成缺乏应有活力、人员结构不合理、负担沉重等问题，使得流域机构各级机关不能很好的承担起水行政管理和水资源统一管理的职责[6]。除太湖流域管理局之外，其他流域管理机构名为委员会，但缺乏国外类似机构的协调功能，无法对各个分管部门的工作进行协调，仅能对水利部职权范围内所属的事项进行管理。
2、 鉴于水利部门与环境保护部门在水管理方面的职权存在一定程度的交叉重合，1983年，水利部和当时的城乡建设环境保护部在流域管理机构下设立了水资源保护局，由水利部与国家环保局（环境保护部）双重领导。目前，国家环保总局和水利部对流域水资源保护局的职责和领导存在着很大的分歧，为此，中央机构编制委员会办公室建议中止流域水资源保护局的双重领导体制，由国家环保总局统管流域的环境保护[7]。国内外的流域管理经验表明，很少发现在管理上能够取得成功的双重或多重领导的流域机构[8]。
3、 流域管理机构与地方政府所属的水利、环境保护等部门在水行政管理方面的职权存在一定程度的重合和交叉，由于流域管理机构和地方政府部门代表的利益不同，很容易出现对相同问题的意见冲突，目前尚无解决机制。
《
水法》规定跨省、自治区、直辖市的其他江河、湖泊的流域综合规划和区域综合规划、水功能区划、水资源配置等属于流域管理的重大事项，流域管理机构并不能独立决策，而必须会同江河、湖泊所在地的省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门和有关部门共同决定，并报国务院水行政主管部门审核批准[9]。
《
水污染防治法》第
十五条规定：国务院环境保护主管部门会同国务院水行政主管部门和有关省、自治区、直辖市人民政府，可以根据国家确定的重要江河、湖泊流域水体的使用功能以及有关地区的经济、技术条件，确定该重要江河、湖泊流域的省界水体适用的水环境质量标准，报国务院批准后施行。可见，在流域水环境质量标准的制订过程中，地方政府可以参与进去，但流域管理机构却无从参与。
