2、环境保护部门和水利部门各自拥有一套水环境监测系统，这两个监测系统在实际运行中各自为政，存在着严重的重复监测现象，浪费了宝贵的行政资源，而且由于水文站和环境监测站的数据不一致，在协调跨地区行政纠纷时，很难结合运用这些数据。
水，作为一种可再生资源，水利部门管理的是水的可被利用量；作为一种具有生态价值的环境要素，环境保护部门管理的是水的质量。这种分割管理造成了管理环节的脱钩，水资源的生态价值和经济价值不能有效兼顾，最终的结果只能是水环境质量下降，水资源枯竭，水资源的生态价值和经济价值都收到破坏[4]。北京师范大学的史培军教授认为：合理的管理应是水质水量的并举，没有水量的水，水质再好也是没有环境容量的；没有水质的水，水量再丰富对人类来说也是无法利用的[5]。
（二）缺乏统管部门与分管部门的协调机制
除了环境保护部门和水利部门这两个主管部门之外，《
水污染防治法》规定国务院建设主管部门根据城乡规划和水污染防治规划，会同经济综合宏观调控、环境保护主管部门，组织编制全国城镇污水处理设施建设规划；各级政府的建设主管部门组织建设城镇污水集中处理设施及配套管网，对城镇污水集中处理设施的运营进行监督管理。农业主管部门负责指导农业生产者科学、合理地使用化肥和农药，控制化肥和农药的过量使用，防治造成水污染。渔业主管部门审批在渔港水域进行渔业船舶水上拆解活动，同时负责调查处理渔业污染事故或者渔业船舶造成的水污染事故。海事管理机构对除渔业船舶以外的船舶造成的污染进行调查处理。对于生产、销售、进口或者使用列入禁止生产、销售、进口、使用的严重污染水环境的设备名录中的设备，或者采用列入禁止采用的严重污染水环境的工艺名录中的工艺的违法的违法行为，由县级以上人民政府经济综合宏观调控部门负责责令改正并处以罚款。国土资源部门负责地下水资源的管理。卫生部门协助有关部门对饮用水水源保护区进行划定。
在实际运作中，虽然多个部门的管理可以更广泛的调动政府各部门对水管理的参与，但各个部门之间的协调制度很不完善。目前的协调机制都是临时性的、应急性的，如太湖流域水污染防治领导小组联席会议制度，三峡库区水污染防治领导小组，这些协调机制目前运行良好，但这些机制缺乏立法对其进行制度化保障，并未上升到制度层面。目前普遍存在的现象就是统管部门与分管部门之间由于自身利益关系，各自出台的政策缺乏对水资源和水环境的全面考虑，缺乏综合决策。
