我国的现行的水行政管理体制有以下几个特点：
1、水行政的主管部门是国家及地方各级环境保护部门和水利部门，在法律规定的各自的范围内分别对水环境和水资源进行管理。
2、水行政实行的是统管部门与分管部门相结合的管理体制，职权范围涉及水行政管理的部门除了水利部门与环境保护部门之外，尚有国土资源、卫生、建设、农业、渔业等多个部门，这被许多学者形象的称之为“多龙治水”。
3、我国实行的是水行政的按行政区划管理与按流域管理相结合的制度，除了地方各级政府的水利部门与环境部门对水进行管理之外，水利部在全国设立了七个流域管理机构：长江、黄河、珠江、海河、淮河、松辽水利委员会及太湖流域管理局，在这七个流域管理机构之下设置了由水利部和环境保护部双重管理的流域水资源保护局。目前，环境保护部对流域水资源保护局已经几乎不存在领导作用[2]。
4、部分地方政府在实际工作中鉴于多部门管理的弊端，在水利部门的推动下，将原有的水利局改组为水务局，试图以其统一行使涉水行政部门的职权。截至2004年3月31日，全国除西藏自治区外的30个省、自治区、直辖市成立水务局及由水利系统实施水务统一管理的单位共计1239个，占全国县级以上行政区总数的52%。根据2004年2月18日中央编制委员会办公室以中央编办复字[2004]31号文批复，北京水务局业务上接受建设部、水利部、环保总局（已改为环境保护部）的指导[3]。但各地的水务局差别很大，其他水务局的主管部门并未统一明确，有的仅仅是原来水利局换个名字而已。
二、现行制度存在的问题
我国现行的水行政管理制度仍存在着难以克服的弊端：
（一）环境保护部门与水利部门的职权范围存在较大的交叉
《
水污染防治法》规定环境保护部门对水污染防治实施监督管理，《
水法》规定水利部门对水资源实行统一管理和监督。这种制度割裂了水质与水量的联系，将水质与水量分别交由环境保护部门与水利部门主管，造成了环境保护部门与水利部门职能的交叉，主要表现为：
1、环境保护部门主管制订水环境保护规划、水污染防治规划，水利部门主管制订水资源保护规划，由于水资源具有不同于其他自然资源的整体性和系统性，这几类规划间不可避免的存在着重合。
