1984年的《
水污染防治法》第
四条规定：“各级人民政府的环境保护部门是对水污染防治实施统一监督管理的机关。各级交通部门的航政机关是对船舶污染实施监督管理的机关。各级人民政府的水利管理部门、卫生行政部门、地质矿产部门、市政管理部门、主要江河的水源保护机构，结合各自的职责，协同环境保护部门对水污染防治实施监督管理”。1996年《
水污染防治法》修订，但对水污染管理体制基本维持了原有的第四条而未作改变。
1988年制订的《
水法》第
九条规定：“国家对水资源实行统一管理与分级、分部门管理相结合的制度。国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理工作。国务院其他有关部门按照国务院规定的职责分工，协同国务院水行政主管部门，负责有关的水资源管理工作。县级以上地方人民政府水行政主管部门和其他有关部门，按照同级人民政府规定的职责分工，负责有关的水资源管理工作”。
为适应水行政管理的需要，这两部法律在修订中相继加入了有关流域管理制度或流域管理机构的内容。
2002年修订的《
水法》第
十二条规定：“国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制。国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理和监督工作。国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域管理机构（以下简称流域管理机构），在所管辖的范围内行驶法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责。县级以上地方人民政府水行政主管部门按照规定的权限，负责本行政区域内水资源的统一管理和监督工作”。
2008年全国人大常务委员会通过的《
水污染防治法》规定：“县级以上人民政府环境保护主管部门对水污染防治实施统一监督管理。 交通主管部门的海事管理机构对船舶污染水域的防治实施监督管理。县级以上人民政府水行政、国土资源、卫生、建设、农业、渔业等部门以及重要江河、湖泊的流域水资源保护机构，在各自的职责范围内，对有关水污染防治实施监督管理”。
