4、缺乏相对独立、专门的环境纠纷行政处理机构：国外环境纠纷行政处理制度发达和良好的实施效果，主要原因之一在于他们较为完善的纠纷处理机构。并且这些机构与行政管理机构相互独立互不干涉，能够保证他站在纠纷当事人之间发挥类似司法的作用，提高行政处理的公正性和权威性。我国目前环境行政部门没有专门的纠纷处理机构和人员编制，没有专门经费来源，且存在上下级隶属关系，决定了在纠纷处理上缺乏独立性、中立性，带有行政权力的痕迹。
5、行政执法部门之间缺乏协调与配合：由于缺乏完善法律和专门纠纷处理机构，以及行政机构分部门执法、条块分割等问题，实践中环境纠纷行政处理效果并不理想。行政执法部门之间缺乏有效的配合机制，引发和加剧了环境管理的难度和执法成本。
（二）完善我国环境纠纷行政处理的对策和建议
1、确立环境纠纷行政处理的原则：⑴自愿原则。环境纠纷行政处理必须根据当事人的申请进行，不得依职权进行。行政处理决定的作出，应征得纠纷双方的同意。⑵程序公正原则。行政机关在处理环境纠纷时，必须处于中立地位；必须是在获得一定的事实信息和法律法规信息的基础上进行；行政处理机关必须为纠纷当事人提供一个可以适当表达自己意见、主张的机会，同时给纠纷双方一个听取对方意见和主张的机会；行政处理机关必须对自己最终决定向纠纷当事人说明理由。⑶诉调结合原则。行政处理的目的是化解矛盾，消除社会对立面，最大程度恢复失衡的利益秩序，因此应为纠纷保留最后诉讼解决的通道。同时，调解协议的履行需要法院司法强制予以保障，因此应赋予行政处理成果以有条件的寻求法院强制执行的效力。
2、创新环境纠纷行政处理的方式：在自愿和程序保障的基础上，增加环境纠纷行政处理的种类，不仅包括原来的行政调解，还要包括行政机关组织的仲裁、谈判、座谈等形式，为纠纷当事人创造一个良好的沟通与交流的平台。我们应借鉴发达国家经验，跳出人大法工委1992年对国家环保局《关于如何正确理解和执行<
环境保护法>第
41条第2款的请示》的复函所引发的缩小或限制环境污染民事纠纷的行政处理，不将行政处理环境纠纷作为环保行政法定职责的倾向影响，将对冲突较为严重、很难达成调解协议的环境纠纷进行行政裁决作为环保行政的法定职责。在行政调解无效情况下，及时作出行政处理决定[17]。同时增加利于纠纷双方观点交流的行政处理制度，如我国台湾地区和日本的公害陈情、控告、斡旋制度，美国的召集会谈、分配和发现事实等制度，激活社会资源，发挥社会大调解的优势，利用社会资源提供的专业咨询服务和法律对策建议服务，促进双方对峙利益的协调、引导纠纷双方达成和解。
