关于我国自然资源所有权制度存在的缺陷，许多学者从诸多方面对其展开了论述。有学者认为，我国宪法和有关法律对自然资源所有的这种二元所有制结构，一方面反映了我国社会主义公有制的基本制度，另一方面也在于自然资源是关系国民经济命脉的生产资料，是保证国民经济稳定发展的物质基础，是国计民生的基本保障，是坚持我国社会主义方向的关键因素，基于这样的原因我国对自然资源所有权实行国家垄断并无不妥。[4]但更多的学者从我国自然资源所有权的实际效果出发论证这种国家垄断的缺陷，笔者认为，我国自然资源所有权制度主要存在以下几个缺陷：
（一）所有权的主体和权利内容不明确，导致自然资源所有权主体虚位。
首先在公有内部，国有和集体所有之间界限不清。对于
宪法原则性规定的属于国家和集体所有的自然资源，法律并未具体明确哪些属于国有，哪些属于集体所有。其次，国家和集体作为自然资源所有权的主体，其本身具有抽象性，它们不能亲自具体行使自然资源所有权的占有、使用、收益和处分的种种权能，这就需要明确规定由谁代表国家和集体行使资源所有权。根据我国现行立法的规定，国家所有权由国务院行使，集体所有权由集体组织统一行使。可是在实际操作中，国务院对自然资源国家所有权的行使是由本身和地方各级政府共同实现的，但由于所有权内容的笼统和概括，难以对不同级别政府行使权利的边界作出明确的界定，其结果往往是架空了资源的国家所有权。同时，由于所有权不清晰造成部门利益的冲突十分严重，另外也产生部门利益和政府部门官员个人利益的冲突，容易滋生腐败。在这个方面资源集体所有权的问题更为突出。由于集体所有权的权利主体不确定，造成各地集体所有权的实际行使者不统一，广大农民利益难以保障，农村基层干部假公济私，滥用土地承包权、任意侵犯各种承包经营权等问题非常突出。
（二）自然资源所有权制度行政色彩十分浓厚，行政管理权和所有权不分，使所有权成为行政权的附庸。
国家作为自然资源国家所有权的主体，却兼具民事主体和公权力主体的双重属性。长期以来，由于认识的原因和体制的问题，国家并没有对自然资源所有权的行使进行合理的定位，把国家作为自然资源管理者的行政权力与国家作为自然资源所有人的财产权利混为一体，把行政权的行使作为自然资源国家所有权的实现方式，使自然资源所有权成为行政权的附庸，从而忽视了自然资源所有者最大权益的实现。因此自然资源国家所有权并没有发挥出其应有的效能。
