从道德理论的角度来看，《补偿条例》也有待商榷。首先，为了平息公众和媒体对政府强制拆迁的民怨，“拆迁”二字在《补偿条例》的标题中被删除，但从法律意义上看这两个字是否存在并不影响问题的实质。无论“征收”或“拆迁”都意味着对物权人不动产的取得和拆除。其次，国务院法制办在拆迁补偿问题上倾向于按市场价格补偿。[4] 如果征收是为公共利益之目的从而采用公平市场价格的价格评估机制，这样的立法安排应能被普遍的价值观念接受支持。在此情况下，被征收人对房屋的个体主观估值将不会被考虑在内。虽然完全自愿的市场交易通常建立在交易者对交易标的物主观估值的基础之上，但这正是因公共利益而征收与因私人利益而收购之定价方式的本质区别。《补偿条例》中对拆迁补偿的条款是为公共利益的征收行为所设计，当其同样适用于40条所规定的非因公共利益拆迁单位、个人房屋的情形时，就否定了在非因公共利益拆迁时给予被拆迁人的补偿可以并应当包含个人主观价值评估这一重要的市场交易原则。在此情况下，当被拆迁人认为“公平市场价格”并不是其心目中的理想价格从而拒绝补偿安排时，很容易被贴上受公众谴责的“刁民”标签。显然，《补偿条例》的立法内容没有建立在坚实的道德理论基础之上。

　　再来看学者的论述。北大法学院五学者《关于对<城市房屋拆迁管理条例>进行审查的建议》仅从行使权力的主体和各方当事人的法律关系来看问题。例如，有关公共利益的界定，张千帆质疑“何为国家重点并纳入规划？地方政府是否也包括在其中？ 经济适用房、旧房改造、国家机关办公用房难道都是公共利益需要？” 张千帆在下文主要强调正当程序的重要性。[5] 同样，王锡锌也只强调民主议决程序的重要性。[6] 马德怀、应松年和王轶对公共利益的界定也有所评论。[7]

　　专家的评论也涉及《补偿条例》第28条。该条规定，被征收人以及与房屋征收决定有关的利害关系人对补偿决定不服的，可以依法申请征收复议，也可以向人民法院提起行政诉讼；在行政复议、行政诉讼期间，不停止补偿决定的执行。李平和王锡锌对此条均作出了批评。[8]

　　专家对征求意见稿批评最多的是《补偿条例》第40条。高新军的批评主要指向第40条中房屋征收部门应审批建设单位上报的拆迁实施方案的内容—政府部门究竟批准什么？[9] 马光远则号召网友“抵制”该条款。[10] 王锡锌也表示他曾多次要求国务院法制办删除这一条。[11] 马光远反对第40条的主要理由是该条违反了《宪法》和《物权法》的基本精神。[12]