第三，公益拆迁和非公益拆迁混为一谈
目前我国土地供应统一由政府运作，城市土地供应的主要方式是政府委托有关单位进行拆迁、土地平整等前期开发工作后再以招标、拍卖方式出让。政府拍卖的是净地，即便在非公益拆迁中，虽然土地使用权是开发商以竞拍方式取得，房屋拆迁补偿资金也是开发商支付，但是开发商反而不能成为拆迁人，政府不可避免地充当了实质上的拆迁人，公益拆迁和非公益拆迁混为一谈。
理论上讲，拆迁的性质应当取决于被拆迁房屋所占土地的开发性质。土地开发可以分为三类，即公益型土地开发、商业型土地开发和混合型土地开发。公益型土地开发，是指为了满足公共利益的需要而进行的土地开发，主要包括为各类城市基础设施和市政建设，如建设城市道路、桥梁、国防和军事、公用事业、城市绿化、环境保护设施等。商业型土地开发，即非公益性质的开发，是指出于营利目的而进行的土地开发，主要包括建设住宅商品房、写字楼、商场、娱乐场所等。混合型土地开发，是指既能满足公共利益的需要，又能获得商业利润的土地开发，主要包括旧城改造以及建造学校、医院等公共设施。[3]但是，实践中城市房屋拆迁并没有按照土地开发的性质进行区分，而是全部由政府进行拆迁。一旦发生矛盾，被拆迁人往往迁怒于政府，如果拆迁规模很大，还会产生局部地区社会不稳定。
第四，补偿不公正
目前关于补偿的原则，众说纷纭，有适当补偿说、公正补偿、相应补偿、合理补偿、完全补偿、按市场价格补偿等。[4]现有拆迁补偿只规定货币补偿的金额，根据被拆迁房屋的区位、用途、建筑面积等因素，以房地产市场评估价格确定，完全回避相应土地使用权价值这一问题，而单纯房屋的补偿无论如何也无法给被拆迁人以公正补偿，从而使得拆迁纠纷不可避免。虽然《拆迁条例》规定了市场评估价格机制，还规定实行房屋产权调换的，拆迁人与被拆迁人应当依照本条例规定的评估程序确定价格，计算被拆迁房屋的补偿金额和所调换房屋的价格，结清产权调换的差价，但实践中执行的情况并不容乐观，拆迁评估价格过低，被拆迁人无法购置合适新住处，而即便是调换，地点多为城市边缘、交通不便利、不方便就学、就医等，对被拆迁人生活影响巨大。拆迁补偿不公正成为拆迁纠纷中最多的问题。
第五，拆迁程序不完备，被拆迁人参与不够
房屋拆迁实际上是包括土地、房屋等不动产所有权人或者使用权人在行使各自物权时发生的现象，由于涉及不同主体，因此需要行政机关加以协调。“但是，管理作为一种政府为民众服务的手段，不是也不应当是立法的目的，尤其不应当是立法的首要目的”。[5]现有房屋拆迁制度设计却更多是从行政管理出发的，拆迁程序缺失，对被拆迁人的知情权和参与权没有给予充分地关注和保护。根据《拆迁条例》第7条和第8条的规定，听证仅在补偿协议有纠纷时才进行，从拆迁许可证颁发到拆迁实施都没有被拆迁人表达意见的机会，被拆迁人不能申辩和质疑。而且，被拆迁人是在拆迁人已取得房屋拆迁许可证之后才被公告自己的房屋要被拆了，房屋拆迁管理部门和拆迁人要做的也仅仅是宣传和解释工作，而不是与被拆迁人协商。
