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跨国水资源的保护，是指各国采取各种措施来对跨国水资源进行合理开发利用，改善并保护水质，以满足人类社会不断增长的需要。环境保护是世界各国应承担的义务，流域各国在自己境内利用跨国水资源或进行其他活动时，有义务通过国际合作或者采取合理的单边措施，保护国际流域水资源，预防、减少和控制对其他流域国或其环境造成重大损害，也不能允许在其领土之上或其控制之下的个人造成这种损害，即遵守无害原则。无害原则是国际水资源法的基本原则之一，被国际条约、宣言和其他国际文件以及国际判例广泛接受。
二、有关跨国水资源保护问题的国际法律文件
目前，有关跨国水资源保护问题的国际法律文件主要是水条约。根据缔约方数目和适用范围，可以将水条约分为三类。即全球性条约、区域性条约和流域水条约。此外，政府间组织的决议和宣言、国际法学术团体的决议和规则等，也是跨国水资源保护法的渊源，或者确立跨国水资源保护法律原则的辅助资料。
（一）全球性公约
全球性条约是指对世界各国开放签署的公约，目前主要是《国际水道非航行使用法公约》（以下简称“国际水道公约”），它是国际水资源法发展史上具有里程碑意义的法律文件。
1970年第25届联大通过决议，建议国际法委员会研究国际水道非航行使用法，以期逐渐编纂和发展这方面的法律。国际法委员会经过二十多年的研究、酝酿和起草，先后于1991年和1994年一读和二读通过了《国际水道非航行使用法条款草案》。1997年联大第51届会议最终通过了《国际水道非航行使用法公约》，对国际水道非航行使用的内容、原则、方式和管理制度等作了较全面的规定，是世界上第一个专门就跨国水资源的非航行利用问题缔结的公约。公约的宗旨是实现国际水道的利用、开发、养护、管理和保护，为了当代和后代的利益促进国际水道的最佳和可持续的利用。公约仅是框架协议，为流域各国之间订立双边或多边水条约提供指南。公约目前还未生效，但是其作用并不依赖于是否生效。公约所规定的公平和合理利用原则、无害原则和国际合作原则是对习惯国际法原则的编纂；国际法院在多瑙河盖巴斯科夫大坝案的判决中提及这一公约，将其作为国际水道法的权威陈述。
国际法委员会在2000年第五十二届会议上，将“国家的共享自然资源”专题列入其长期工作计划。2002年以来，该专题集中于对跨国地下水的研究。专题工作组2006年向国际法委员会提交了《关于跨界含水层法的条款草案》，该草案已在2006年举行的国际法委员会第五十八届会议上一读通过。草案共分为五部分，十九个条款，[9]其结构与国际水道公约有些相似。该草案最终将以公约的形式，由联大会议讨论并通过。
（二）区域性和流域性条约
针对跨国水资源保护问题的法律规则多见于具体区域性条约或流域性条约中，而且鲜明地保留了“一个流域一种制度”的特点，这是由流域系统自身特点所决定的。因此往往在实践中发挥作用的是区域性或流域性条约，而全球性公约的效用很小。
区域性条约是指主要由处于同一地理区域的国家缔结或加入的条约，缔约方不限于同流域国家，往往是在区域性国际组织的主持下缔结的。最为典型的是欧洲经济委员会1992年在赫尔辛基通过的《跨界水道和国际湖泊保护和利用公约》（即《赫尔辛基公约》）。公约适用于整个欧洲以及美国和加拿大，主要目标是保护包括地下水在内的跨界水道和国际湖泊不受跨界环境损害的影响，保护生物多样性，维护和恢复水系的自然功能。欧盟2000年通过《欧盟水框架指令》，
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