其次，用土地使用权取代土地承包经营权，进一步理顺乡政府、村集体经济组织与农民的关系，减少不必要的干预，使农民能依法行使土地权利。土地承包经营权是一个容易引起争论的权属概念，人们对其表述不一：土地使用权、土地承包权、土地经营使用权、用益权、永佣权等等。用承包经营权来指代具有物权意义的土地使用权，不仅不准确，而且势必涉及承包经营权物权化的理论问题，用土地使用权取代承包经营权，不仅能较好的重构土地权利体系，而且将减少许多无谓的争论，[6]当第二轮土地承包工作结束后，乡村干部的土地发包任务宣告完成，其工作的重心理应转移到农村土地规划管理和用途管制的轨道上来。
3.推进土地制度改革法制化
在权利层面，过去多年形成的二元社会结构体制还在束缚着农村生产力的发展，束缚着农民致富，束缚着农村劳动力向非农转移。同时，由于农民群体在利益分配格局中的“势单力薄”，制约了公民权利、国民待遇在农民身上的兑现;在法治层面，依然存在农民的民主意识和参与民主的能力薄弱，村级民主管理制度不够健全和规范;在平等与自主层面，由于部分地方政府强力意志的影响，以及产权不明等等因素，掣肘了农民对于自身财产、地位、发展的自主能力。所有这些，既是过去出现农村困境的内在原因，也是建设新农村时必须解决的关键问题。土地制度改革首先在征地制度改革，征地制度必须防止公权侵犯私权，因此必须牢固树立保护耕地，保护农民合法权益，依法执政的理念。
4.进一步明晰农村土地权利关系
在我国现行法律制度中，土地关系主要是由土地行政管理法律规范来调整，但土地首先是一种财产，其次才是一种管理对象。土地上的各种财产关系亦应由民事法律规范中的物权法来调整。在修改土地管理法的同时，要根据国家物权法，明确集体土地所有权的主体，使集体土地有真正的所有人。所有人行使集体土地所有权的具体方式及集体土地所有权的收益、分配。实行农村土地的有偿使用制度，建立集体土地使用权制度，建立用地物权制度，赋予土地使用者以真正民事意义上的物权，使土地使用者享有清晰明确的权利，改变长期以来我国农村中土地权利关系不清晰的局面。[7]
