第三，农业科技的进步和利用受阻，农业可持续发展受到严重影响。目前农业家庭经营规模狭小且分散，生产要素的配置被局限在相对封闭有限的范围内进行，导致农业科技进步的动力不足，农业基础设施建设滞后，农业生产条件的改善缓慢。农业家庭经营，由于受土地承包经营权不确定性因素的影响，农户在农业生产中的盲目性和短期性阻碍了农业科技进步。在家庭承包经营的条件下，农户受投资能力、技术革新能力、风险承受能力的限制，日趋减少对农业的基本建设和科技投资，削弱了农业生产发展的后劲，影响着农业的可持续发展。
第四，农地使用权流动性弱。在我国“二元农地所有制”结构下，农村集体农地的单向性权属转移，以及集体内部农地流转缺乏规范，使农地使用权的流动性不强。建设用地由国家统一供给并实行集中管理，农村集体农地权属单向度转移，国家控制和垄断了农地市场，使农地转为建设用地不能通过市场化的自主交易实现。集体所有条件下的土地承包经营制度，既形成了集体内部的对农地的均等占有，也形成了对集体之外的排他性，使农地使用权的流转受到限制。集体内部农地使用权流转缺乏具体的操作设计和政策规范，农民的农地流转权经常受到侵害。农地流转的强制推行，剥夺了农民的自主交易权;通过“返租倒包”等形式低价强行租回农民承包的农地;把农地视为农民社会保障的载体，固化人地关系。农地流转缺乏制度规范和有效途径，农地抛荒现象严重，在农地资源十分稀缺的情况下，农地抛荒导致了极大的效益损失。
第五，农地所有权转移过程中农民利益受损严重。农地的国家征用或征收导致集体农地的权属转移，由于农地承包经营制度下对农地征用范围、征用程序、征用补偿和失地农民安置等环节缺乏科学有效的规范，权属转移必然导致利益分配格局的变化，直接影响着农民权益。一方面，征地权的适用范围呈现扩大化趋势，征地程序的缺乏理性，而且农地征用制度呈现强制性，政府以农地的征地者、出让者和征地纠纷裁决者的身份出现，农民缺乏谈判协商的机会和能力，农地权利和公民权利受到相当程度的损害。另一方面，农地出让收益与征地补偿极不对称。农地作为一种资产，其价值以曾经的用途及产出决定明显是不合理的、未能形成地价的市场化，农地的预期收益基本不被考虑，农地权属转移中产生的巨大农地收益与失地农民过低补偿并存。此外，还采用养老保险、非农就业机会、安置住房、减免税费、食物补助等方式进行补偿，导致农民利益受损，农民权益无法得到应有的保障。
