2002年修订的《
水法》（以下简称新
《水法》）中有关水权规定的不足主要体现在：第一，立法理念还没有完全适应市场经济体制的要求，有的规定仍带有计划经济模式的痕迹。新
《水法》不少规定仍体现着以行政手段为主管理水资源的思想，真正体现市场机制和价值规律的内容却很少，水资源的市场化管理制度基本没有建立起来，对直接的市场主体之间水资源交易制度更没有做出规定。第二，缺乏对水权转让方面的规定。新
《水法》中有关明晰水权、建立取水许可制度的内容都只是水资源使用、收益权等进行转让的前提，而不是水权转让方面本身的规定。对于取得用水权后，水权的性质、权利的内容、能否转让等都缺乏明确规定，不能满足实践的要求。第三，对“相关利益者”缺乏关注。水权的运行需要公众的知情和参与监督，新
《水法》虽实现了水资源的集权化管理，但缺乏公众在水权流转过程中的参与和知情权。[4]
（二）利益保障机制不完善
目前水权交易中，节水量都按份确定买主。其中涉及的一个问题就是，目前达成的转换水量都是依据水权转换规划和工程设计推算出来的，转换水量与将来实际的节水量存在多大的差距尚不得而知。对于自己投人的资金是否会换得预期的水量，一直是受让方的顾虑所在。水权交易项目牵扯到多个利益主体，协调难度较大，在缺乏利益保障措施的情况下，资金到位不能与节水改造工程实施进度相一致，影响工程进度，将来还可能导致利益纠纷。
（三）水权交易管理机制缺乏针对性
目前对水权交易的管理是通过取水许可审批实现的，事实上不同的水权应该具有不同的管理方式。取水权转换涉及取水权变更，必然需要获得取水许可审批机关的批准；但是如果是用水权的转换，就不需取水许可审批机关审批，而只需用水权配置机关批准即可。不能按照一种模式来规范水权转换，而应该针对具体的情况制定相应的转换机制，并在合同中明确不同情况下不同的交易主体间的相应权利和义务，才能较好地规范转让。
