从1999年起，我国开始进行工程水利向资源水利转变的理论宣传，并在2000年特别关注水权、水价及水市场，开始利用市场机制进行优化配置水资源的有益探索。2006年《
取水许可和水资源费征收管理条例》第
二十七条规定：“依法获得取水权的单位或者个人，通过调整产品和产业结构、改革工艺、节水等措施节约水资源，在取水许可的有效期和取水限额内，经原审批机关批准，可以依法有偿转让其节约的水资源，并到原审批机关办理取水权变更手续。具体办法由国务院水行政主管部门制定。”这为我国水权交易提供了政策上的依据。然而，水权交易的尝试与实践却在2000年就已悄然兴起。
1、国家“南水北调”中线工程模式。
可以概括为“中央政府宏观调控，地方相关政府参与，企业按市场机制运作”。国家南水北调工程的总体思路是：由国家和地方联合控股，国家出一定比例的资本金，其余由沿线城市根据要水量按比例分摊，要水越多出的资本金就越多，地方靠逐步提高水价作为地方股份的资本金来源，整个工程由股份制公司来运作。这一模式，利用了水权、水价、水市场配置水资源的好处，又是建立新的水利建设筹融资机制的探索。
2、浙江东阳—义乌模式。
可以概括为“双方协商，市场定价，政府引导”。2005年1月6日，义乌市委、市政府举行了横锦水库引水工程正式通水仪式，被认为这是我国实施的首例水权交易。[3]本次进行的跨市水权交易，依据的是2000年11月24日义乌市政府和东阳市政府共同签订的有偿转让用水权的协议:义乌出资2亿元向东阳购买其境内横锦水库5千万立方米水资源的永久使用权。这种模式，在当前我国采用行政手段统一分配水资源，各地政府争着控制国有水资源以及努力向中央政府多要配水指标的情况下，无疑具有创新精神；同时，这种水权交易模式，对实现我国水资源管理模式的转变，促进节水型社会的早日建成，也会产生深远的改革意义。
3、甘肃张掖模式。
可以概括为“政府主导，建章立制，公众参与，自由交易”。张掖市在水权制度改革中，采用了水资源的宏观控制和定额管理两套指标体系作为支撑，核定全市的水权总量和单位工业产品、人口、灌溉面积和生态的用水定额。水权确定后，农户购买水票，用水时，要先交水票后浇水，水过账清，公开透明。用不完的水票，农民可通过水市场进行出卖，而这种交易的实质内涵便是水权交易。这种水权交易，促进了一定范围内水资源的总量平衡和更合理配置首先，通过水权交易，能激发农民树立水资源商品观念。其次，水权交易也刺激了农村经济结构调整的迅速开展和农民的农田管理意识。
