地下灌注许可证对地下灌注活动的控制依灌注井的类型而定。联邦环保局把地下灌注井分为五类：一类井是灌注《固体废物处置法》规定的危险废物的井。一类井不得直接或间接地影响地下饮用水源。一类井许可证对一类井的选址、深度、密封、机械完好性、灌注速率、灌注压力和灌注井的废弃有详细的规定。二类井是灌注与石油和天然气的生产、储存有关的液体的井。三类井是灌注与硫磺、盐的开采有关的液体的井。对二、三类井的规定依有关工业准则和惯例而定。四类井是灌注放射性废物和对地下饮用水源或在其上灌注危险废物或不在一类井的灌注物质以内的其他危险废物的井。四类井必须在规定的限期内关闭或废弃。五类井是直接对地下水源灌注尚未被《固体废物处置法》定为危险物质的有害物质的井。对五类井无许可证的要求，只要求其报告。但如其引起违反初级饮用水质标准，联邦环保局或州政府可要求其申请许可证并采取矫正措施。
（二）对单一含水岩层特别保护原则
美国《饮用
水法》授权联邦环保局对单一含水岩层予以特别保护，受这种特别保护的单一含水岩层的条件是：（1）它是一个地区唯一的或主要的饮用水源；（2）它一旦受到污染，将对公众造成巨大危害。到目前为止，联邦环保局只指定了《固体废物处置法》一个受保护的单一含水岩层——德克萨斯州爱德华地下水库。联邦环保局为其制定了专门的保护条例。
（三）评价和监测制度
人们通常认为淡水就是看得见的湖水和河水，但实际上有大量的淡水隐藏在地下蓄水层中。一份为1977年联合国水源会议准备的科学评估报告指出淡水主要储存在地下，地表河流和湖泊中的水量只占全部饮用水源很小的一部分。很多地区靠地下水供应饮用水，如果因为任何原因蓄水层遭到污染，那么地下水就不能饮用。蓄水层被污染的后果可能惊人地广泛扩散。遭污染的地下水从蓄水层流出，通常地下水会进入地表河流从而带去污染物而污染周围的地表水。结果是两种饮用水源都受到污染。[4]如果抽取的地下水超过自然补充量，就会造成跨世代的影响，如果长时间地消耗过快，蓄水层将面临枯竭。反过来，这种枯竭将会使和地下水息息相关的地表饮用水源减少甚至枯竭。因此，在关于修改《1978年美国和加拿大间大湖水质协定》的议定书中明确规定：缔约方应确定影响大湖受污染的地下饮用水源现有的和潜在的水源；绘制邻近受污染地下饮用水源现有的和潜在的水源地水文地质状况；制定地下饮用水源中污染物抽样和分析标准方法和统一程序。
