由于省和较大的市级行政区域内，设有国务院部门、单位的垂直管理机构，依法履行涉及全国性事务的权限，属于中央事权，因此，地方人大常委会一般不对这类事项直接进行监督。如根据《福建省实施监督法办法》第十六条，设区的市和县级人大常委会可以听取和审议本行政区域内有关部门、机构遵守和执行法律、法规情况的专项工作报告，必要时可以将审议意见向其上级主管机关通报，涉及重大问题的，报请上一级人大常委会交同级人民政府研究处理。这里，没有提及省人大常委会听取和审议国务院部门、单位设在本省行政区域内的分支机构或派出机构对遵守和执行法律、法规情况的专项工作报告。
（二）合理划分同级地方党委、人大、政府与垂直管理机构之间的职责权限
目前，党和国家机关之间的职能和相互关系缺乏法律和制度上的明确规定，权力运作机制在执行中有时出现偏差。因此，除了在纵向上区分中央与地方事权外，在横向上还要合理划分同级地方党委、人大、政府与垂直管理机构之间的职责权限。
垂直管理机构的设置、人员编制、财务等由国务院或上级人民政府主管部门直接管理，有的垂直管理机构的党组织关系在地方，由地方党委领导；本行政区域内的经济、教育等行政工作，由县级以上的地方人民政府管理；垂直管理机构主要负责处理国务院或上级人民政府部门在地方或与地方有关的事务。相应地，地方人大常委会一般是讨论、决定本行政区域内的重大事项，并对本行政区域内的有关法律、法规和决议的执行和遵守实施保证，而不是代替垂直管理机构的主管部门、同级地方党委和人民政府的工作。
（三）依法确立垂直管理机构与地方人大常委会之间的联系和协助关系
在日常工作中，地方人大常委会应密切与垂直管理机构的联系，建立人大常委会工作机构与垂直管理机构的对口联系制度、重大事项和活动通报制度、信访案件转办和反馈制度，督促和指导垂直管理机构建立执法责任制，推行政务公开，自觉接受人民群众的监督。同时，地方人大常委会还应当与垂直管理机构的上级主管部门保持联系，通过公函等方式将垂直管理机构执法的情况及时向上级主管部门反馈，并提出有针对性的建议、意见。垂直管理机构执法时，需要地方人大常委会相关机构就专业和技术问题提供协助或进行其他协助的，地方人大常委会应按照各自职责依法予以配合。
（四）建立地方人大常委会对垂直管理机构的执法保证机制
