跨省、自治区、直辖市的饮用水水源保护区，由有关省、自治区、直辖市人民政府商有关流域管理机构划定；协商不成的，由国务院环境保护主管部门会同同级水行政、国土资源、卫生、建设等部门提出划定方案，征求国务院有关部门的意见后，报国务院批准。
国务院和省、自治区、直辖市人民政府可以根据保护饮用水水源的实际需要，调整饮用水水源保护区的范围，确保饮用水安全。有关地方人民政府应当在饮用水水源保护区的边界设立明确的地理界标和明显的警示标志。
（2）完善饮用水水源保护区分级管理制度。《
水污染防治法》（2008）第
56条规定:“国家建立饮用水水源保护区制度，并将其划分为一级和二级保护区，必要时可在饮用水水源保护区外围划定一定的区域作为准保护区。”
（3）对饮用水水源保护区实行严格管理。如《水污染保护法》（2008）第57、58、59条规定，“禁止在饮用水水源保护区内设置排污口”；“禁止在饮用水水源一级保护区内新建、改建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目”；“禁止在饮用水水源二级保护区内新建、改建、扩建排放污染物的建设项目；已建成的，要责令拆除或者关闭。”
（4）对已建成的建设项目的处理，有了明确的规定。《
水污染防治法》（2008）第
58、
59条规定：“已建成的与供水设施和保护水源无关的建设项目，由县级以上人民政府责令拆除或者关闭。”
（5）在饮用水源保护区内实行积极的保护措施。《
水污染防治法》（2008）第
61条规定，县级以上地方政府应当根据保护饮用水水源的实际需要，在准保护区内采取工程措施或者建造湿地、水源涵养林等生态保护措施，防止水污染物直接排入饮用水水体，确保饮用水安全。
