只有构建一个区分主次且全方位的覆盖有关水的各方面的法律法规的框架，才能健全我国水资源生态保护法律体系。科学立法是依法治水的基础，如果在法律框架的设置上都不健全，又怎么可能对纷繁复杂、杂乱无序的水资源生态被破坏的状况进行整治呢？
第二，在监督管理的主体上存在冲突
由于国家在立法时，未明确将
水法列于龙头地位，而水的开发、利用、管理又涉及到多个部门，随着经济建设的加速，水资源对于生产和生活的重要作用日益突现，因此在现有立法体制下，各行政部门都把水作为自己的立法对象，而各部门在立法过程中，都从维护本部门的权益出发制订法规，建立了不同的监督管理机制，从而形成我国目前“多龙治水”的法律现象。
对于水资源的生态保护，不仅包括对于用水水量的监督管理，而且包括对于水质的监督管理，现行法规赋予水行政部门主管水方面的工作，《
水法》第
一条规定：“为合理开发利用和保护水资源，防治水害，充分发挥水资源的综合效益，适应国民经济发展和人民生活的需要，制定本法。”但是《
水污染防治法》中，又将对水质的监督管理及处罚权赋予环保门，造成水务部门在行使对水资源生态保护的管理时，无相应的行政执法权，从而不利于水质的生态保护管理工作。
另外，即使是环保部门执法，也面临许多欲治不能的状况，这是由我国现行管理体制和立法体制造成的。由于水是流动的，水源的污染统统是由水的上游、中游地区形成，而处于下游地区的环保部门是无法到上、中游地区行使处罚权的，而这个问题的关键还是在立法上,既没有明确上游地区对下游造成污染应如何承担责任，也没有授予下游地区环保部门如何跨越行政区划行使执法权。
因此，在对水资源生态保护的监督管理及行使处罚权的问题上，我国目前立法没有解决同一区域不同主体管理的冲突，以及同一执法主体在不同行政区划如何行使执法权的冲突这样两个重要问题。
第三，没有形成有效的水资源生态保护机制
由于水务部门与环保部门均各有一套对水的管理法规，建设部门、农业、渔业、航运、地质矿产等部门也制订了相关的法规，而这些部门之间又缺乏相应的协调机制，没有在一个大的立法框架下互相沟通，因此出现了对取水、用水、排水这一完整的过程进行分割管理，对水的不同用途，不同储存形态进行了分别管理，在水资源生态保护上，出现有的部门既是统管部门又是分管部门的现象。
立法上的不统一，形成“多龙治水”局面，你打你的锣，我敲我的鼓，各行其是，各自为阵，既有损法律的权威性，也不利于对水资源生态保护工作的开展。
