一、我国目前水资源生态保护存在的立法瑕疵
由于我国关于环境保护方面立法起步较晚，加之我国目前在水生态保护面行政管理体制不统一，就使目前关于水生态保护的立法方面存在一些明显的瑕疵，大致可分为以下几种情况：
第一，我国尚未形成自上而下
水法体系，水资源生态保护法律法规健全
从目前已出台的有关水的法律、法规看，不仅缺乏占主导地位的法律，而且一些重要的部分尚未立法，已有的法律法规上下层次也不清晰。具体表现在《
水法》《
水土保持法》《
防洪法》和《
环境保护法》《
水污染防治法》都是由全国人大常委会制定，但是具体实施的行政部门不同，前三部是水利部门，后两部法是环保部门，都处于平等的法律地位，由于具体实施部门不同，究竟以哪个为主？由于上位法有几部，下位法则也相应形成两个体系，如《
水法》的下位法有《
取水许可制度实施办法》《河道管理办法》等，由水行政部门主管实施，而《
水污染防治法》的下位法有《
水污染防治法实施细则》,由环保部门具体实施。在一个法律体系中，如果不能确定一个占主导地位的上位法，那么在贯彻实施中必将出现冲突，形成有利有权的事两部门抢着管，无权无利的事则谁都不管，要承担责任时又互相推诿这样一种局面，立法不能明确责权利，将是一个重大的失误。
从国外水立法体系看，
水法是处于主导地位的，下面有水保护法或水
环境保护法，在此之下应涵盖以下方面法规：防治水污染的法规（主要属于保护水质的范畴）；防治水枯竭（主要属于保护水量的范畴）的法规；防治水流堵塞（属于保护水床的范畴）的法规；防止水源破坏（主要是防止水土流失）；防止水害（主要是防洪抗汛）的法规；节约用水（属于保护水量的范畴）；以及保护水生物及其生境、保护水景观、保护水床﹑合理开发利用水资源、保护水利工程等诸方面法规。
