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农村工业污染主要来自三方面：一是采矿业带来的污染，采洗矿会造成大量的污水，还会形成大量的废渣；二是农民自办企业带来的污染，作坊式的小加工厂、造纸厂等往往没有做任何污染处理就将生产后的废污水直接排入沟渠以及一些饮用水源的汇水区内；三是一些从城市或者沿海经济发达地区迁移过来的重污染企业，这些企业往往与村民住地相隔较近，有些虽然有一些污染水处理设施，但这些污水处理设施往往没有达到要求，甚至根本就不运行。
与此同时，在广大农村，化肥农药大量使用，生活垃圾未经处理就四处堆放。对于许多直接从河道（渠）取水的农村地区来说，饮用水源就是家门口的小河（渠）或池塘，这些水体接纳了企业工业废污水，还接纳了农业面源与生活污水，水质着实堪忧。
农村地区地下水也同样受到了严重污染，而且由于地下水循环缓慢，一旦受到污染，很难恢复。2006年, 对北京、辽宁、吉林、黑龙江、上海、江苏、海南、甘肃、青海、宁夏10个省（自治区、直辖市）776眼地下水监测井的监测资料评价结果表明，水质适合于各种使用用途的Ⅰ-Ⅱ类水井占监测井总数的10.1%，适合集中式生活饮用水水源及工农业用水的Ⅲ类水井占28.6%，适合除饮用外其它用途的Ⅳ-Ⅴ类水井占61.3%。据统计，仅海河流域水质劣于国家地下水质量Ⅲ类标准的水体面积就多达7万平方公里左右，污染物质种类多且超标率高。淮河流域也是如此，颍河两岸部分居民饮用井井水的检测显示，一些地方饮用水各项指标严重偏高。在水资源丰富的江汉平原，仙桃市农村居民打水井取水在地下60米以内都不安全，取水要到地下80米以下的岩层中取水，而且要经过净化处理才能饮用。
（三）供水工程标准低，安全防护设施滞后
我国农村的一些水利工程是上世纪六七十年代建成的，供水工程建设标准低，多数只解决水源问题，保证程度较低。除人畜饮水困难由国家支持解决外，农村水利工程建设基本处于一种自然发展的状态，缺少科学规划和有效管理，存在水资源的不合理开采利用、工程标准低和工程利用率低、用水方便程度和保证率低的问题。
同时，农村饮用水源特别是分散式饮用水水源往往无法划定保护区，一些集中式集用水源相应保护设施建设滞后，在污染控制和排污口整治、清污分流、污染底泥清淤、水源地的隔离防护、水源地生态屏障等方面长期缺少必要投入。
（四）乡镇集中式供水企业检测设备和原水处理设备缺乏
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