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事实上，也只有对原被告适用不同的证明标准，才能完成因果关系推定。正如我国民事证据规则所规定的，在因果关系推定中，要求被告证明“因果关系不存在”，否则，就可以认定因果关系成立，这是一种反向推定。在正向推定的情况下，原告方提出证据证明的事实推定因果关系成立，被告进行反证只要使事实处于真伪不明状态就可以推翻推定，这时对原被告采用的是同一证明标准。但是，在反向推定的情况下，被告进行反证必须排除存在因果关系的可能性，否则，因果关系就会被推定成立，这时，对于被告的证明要求明显要高于原告，适用的是相当于“排除合理怀疑”的高度盖然性标准[7]。
4．证明盖然性标准之适用
目前，学界在对环境侵权因果关系理论探讨中似乎有一种倾向，即仅孤立地关注具体判断标准或方法的探索，而忽视了将各种判断标准或方法置于整个因果关系理论体系中进行考察。这一研究倾向带来的后果是以偏概全，以致结论顾此失彼，难以周延。因此，各种情形下的因果关系判断标准和具体方法都必须置于完整的理论体系中予以安排。这样，才能明晰它们之间的相互关系，既克服“各自为政”之弊端，又避免在适用上相互倾轧，从而使应有的理论指导功能得以良好地发挥。
事实因果关系之认定应多种模式灵活运用，处理不同的环境污染侵权案件，所追求的主要目的是不同的：或以保护环境为目的，或以救济被害人为目的，或以惩罚污染者为目的。将因果关系推定标准单一化，不能适应类型多样化、案情复杂化的环境侵权纠纷处理的需要，必须根据不同类型的环境侵权案件，确定和适用与之相应的不同的因果关系推定标准，[8]现概括如下：
第一类：我国农村的环境侵权案件多为因工农业生产所带来的大气污染或水污染而导致农民、渔民和牧民的种植业、养殖业和生活损害，且大多为财产权益的损害。对于此类案件，在诉讼中，可适用间接反证法。
第二类：在城市中，居民一般则多因交通、建筑施工和社会生活噪声侵扰生活所困，严重者影响到了身体健康，属人身权益的损害，对这类案件的审理，可借鉴疫学因果关系说。
第三类：对简单、因突发性环境污染或环境破坏而致的环境损害赔偿，如噪音、振动、光、日照妨害等直接状况和剧毒或毒性较大的排出物引发的污染及所致的急性中毒等，因其因果关系易于证明，可以适用优势证据说，由双方当事人对各自主张分别举证并对另一方当事人提出的证据进行质证，只要致害人能证明侵害行为与损害结果存在的盖然性大于不存在的盖然性，即可推定因果关系存在，致害人则需承担赔偿责任，反之则无需承担赔偿责任。
第四类：对于潜伏期较长、危害范围较广、历时久远、时过境迁而导致证据灭失的环境损害赔偿，如通过大气、水等自然媒介物的间接作用以及对多数原因聚积、竞合而使损害发生时，应结合事实自证理论、疫学因果关系说及间接反证说来加以确定。
这样，各种学说均可得到一定程度上比较明确的运用，有利于司法审判断更为顺利的开展和运作。目前，在我国司法实践经验还不十分丰富，相关理论还不够深入的情况下，应以平衡社会利益，确保社会正义为价值指导，适用多元化标准确定因果关系。
5．法医等司法技术要素之运用
法医等司法技术，本来就是服务于司法审判的应用科学，旨在为司法审判提供尽可能准确的判断信息，是衡量因果关系存在与否最基本、也是最为可靠的手段和方法。从一定意义上说，法医等司法技术学要素是判断因果关系成立与否的事实上标准。无论是契约还是侵权损害赔偿，因果关系成立与否，都须要经相关客观科学的检验证明方能确定。法医等司法技术检验和鉴定几乎可适用于所有民事、商事纠纷中因果关系的审查判断。除传统法医技术等学科外，随着免疫学、病理学、分子生物学等相关学科的迅猛发展和许多新技术、新理论、新方法的运用，为因果关系的判断提供了新的层面和新的视角的科学依据。近年来，一些国家还新发展了“赔偿医学”，由法医学家、法学家专门研究人身损害参与度、后遗症判定等因果关系理论。日本学者渡边富雄提出的“损害参与度”理论，将致害的可能率按百分比划出十个等级，对民商法中因果关系的判断，特别是对多因一果损害赔偿案件中，各个加害行为或事件原因力大小的判断具有重要的参考价值，是因果关系结构性要素标准中的重要成份。
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