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从公平的角度来讲，根据生态服务价值来确定补偿标准更合理。但是，从实际的操作可能性来看，按照生态服务功能价值补偿的方法存在计量方法和标准的无法统一的技术困难。由于生态环境的公共物品特性，它的保护和改善对社会提供的服务以及它的破坏对社会造成的影响比较容易感受，但是很难评价到底得到多少利益或受到多少损失，并且在不同地区及社会发展的不同阶段，人们对生态环境的评价值和需求是不同的，对生态环境影响的认识水平也是不同的，因而很难计算出间接成本或收益，从而无法科学确定补偿的强度。而根据机会成本（或恢复成本）来确定补偿标准的可操作性较强。从国外的实践来看，机会成本法是相对较为广泛采用的方法，如美国的退耕补偿政策，虽然美国退耕项目的补偿资金全部由政府提供，但政府并不统一规定一个补偿标准，而只是首先根据其所确立的实现森林多功能目标，建立了“环境效益指数”和“根据土壤特点经过调整的租金率”这两个评价体系，用于估算能够基本反映各地实际情况的租金率。然后，美国政府借助竞标机制和遵循农户自愿的原则来确定与各地自然和经济条件相适应的租金率(即补偿标准)。[17]
根据机会成本来制定生态补偿标准，同时加强对生态系统服务功能的价值化研究扶持力度，逐步向根据生态服务订立补偿标准的方向过渡，是确立生态补偿标准的未来发展路径。当然，也有学者认为，将生态效益价值货币化作为生态价值补偿的标准在理论上是错误的，在现实社会中也难以被接受，补偿标准应该在国家的经济发展水平和其对生态效益的需求间寻求平衡点。[18]
3、生态补偿的方式
是指生态补偿主体承担生态补偿责任的具体形式，从补偿的运作模式可以大体划分为政府补偿和市场补偿两大类。
政府补偿是指政府以非市场途径对生态系统进行的补偿，包括财政转移支付、专项基金、优惠政策、对综合利用和优化环境予以奖励等等。其中最主要的形式是财政转移支付制度和专项基金。（1）财政转移支付。财政转移支付指以各级政府之间所存在的财政能力差异为基础，以实现各地公共服务的均等化为主旨而实行的一种财政资金或财政平衡制度。生态补偿中财政转移支付，是为了实现生态系统的可持续性，通过公共财政支出将其收入的一部分无偿的让渡给微观经济主体或下级政府主体支配用于指定的生态环境建设和保护。转移支付的形式有税收返还、专项拨款、财政援助、财政补贴、对综合利用和优化环境予以奖励等。目前，财政转移支付是我国实现生态补偿的主要途径。（2）生态补偿基金。生态补偿基金制度是一个总括性的概念，它包括以生态建设和生态补偿为目的所设立的林业基金、森林生态效益补偿基金、各项环境整治基金、退耕还林的补偿基金等各项基金制度。
市场补偿是由市场交易主体在法律法规的范围内，利用经济手段，通过市场行为改善行为生态环境的活动的总称。（1）生态环境费税。国家对开发利用生态环境资源的生产者和消费者，或生态受益的地区、部门(企业)和个人征收生态补偿费或生态税，用以保护、恢复开发利用过程中造成的自然生态环境破坏。政府通过费税的调整，改变市场上不合理的环境资源定价，刺激排污企业资源开发，提高利用效率，使企业处于追求经济效益的目的，减少污染企业排放或破坏的生态环境进行恢复治理，间接达到生态补偿的目的。（2）环境产权市场交易补偿。环境产权交易市场建立之后，任何市场主体可以按照卖家最低价与买价最高价相符时成交的交易规则，进行环境产权交易。主要形式有排污权交易、水资源交易等。通过市场交易，间接地对生态环境进行补偿。此外，生态补偿的市场补偿形式还包括发展环保产业、推行环境责任保险等形式。
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