委员会进行风险沟通的方法多种多样：委员会的会议原则公开，会议分发的资料、议事录等在委员会的网页上登载，对风险评估终结的案件募集国民的意见，在全国各地召开意见交流会，食品安全监督员会议，网站，发行手册、传单、用语集、机关杂志《食品安全》，发送电子杂志，食品安全电话，等等。[25]
（五）应对危机
在发生紧急事态时，政府要作为一个整体迅速、适当地应对，防止危害扩大或者再次发生，因而也就有必要收集国内外的信息，趁早把握事态的发展情况，要求相关各省迅速应对，并以易于理解的方式向国民提供信息。根据《食品安全基本法》的规定，为了应对造成或可能造成食品安全重大损害的紧急事态，委员会在必要时可请求相关行政机关的试验研究机关为食品影响健康评价实施必要的调查、分析和检查，还可依法向相关各个大臣提出请求。[26]
为了应对紧急情况，日本政府成立紧急应对总部。[27]这是一个临时性的机构。总部由以下人员组成：（1）食品安全担当大臣，如果联络不上，则为奉大臣之命掌管政策、规划的内阁府副大臣，（2）厚生劳动大臣，（3）农林水产大臣，（4）食品安全委员会委员长，（5）其他食品安全担当大臣认为必要的相关大臣等。食品安全担当大臣为总部长，其他为总部员。由总部长根据事态的实际情况在总部员中指定副总部长。总部设置之后，即迅速召开紧急应对总部会议，由总部长负责召集、主持，会议决定政府一体的应对之策。总部会议可以根据需要要求总部员以外的人出席。
总部设事务局，由其负责处理总部会议的一般事务。事务局由风险管理机关协助食品安全委员会事务局组成。总部事务局长由食品安全委员会事务局长担任，局员由信息·紧急应对科长以及总部事务局长招集的食品安全委员会事务局员担任。总部事务局的设置场所原则上在食品安全委员会事务局内。事务局具体负责收集紧急事态的信息，交换食品安全委员会和风险管理机关的信息，提供紧急应对总部进展的信息，总部会议召开的会务以及其他必要的事务。总部事务局长为了有效处理上述事务，可设置不同职能的班（总括班、信息班、宣传班等）。
在发生紧急事态时，食品安全担当大臣根据食品安全委员会的报告或者风险管理机关（即厚生劳动省、农林水产省、环境省等确保食品安全进行风险管理的行政机关）的请求，或者自主作出判断，认为有必要以阁僚级综合应对，则可以指示食品安全担当室迅速实施紧急协议。担当室根据食品安全担当大臣的指示，迅速通过食品安全委员会和风险管理机关的信息联络窗口，要求食品安全委员会和风险管理机关联络信息，调整紧急协议，实施紧急协议。在总部会议召开的同时，召开部局长级的食品安全行政相关府省联络会议。
对于紧急协议的方法，原则上由食品安全担当大臣与相关各个大臣、食品安全委员会委员长汇集在一起，就设置紧急应对总部的必要性达成协议。如果相关人员汇集到一起有困难，在食品安全担当大臣认为有必要时，可通过食品安全委员会和风险管理机关的信息联络窗口，了解相关各个大臣和食品安全委员会对设置紧急应对总部的意见，然后以相对较为宽松的方式达成协议，设置紧急应对总部。紧急应对总部主要负责以下事项：（1）决定政府整体的应对之策，（2）综合调整食品安全委员会与风险管理机关的对策，（3）信息的收集与共享，（4）通过新闻媒体、政府公报、因特网等手段给国民提供信息，（5）其他它认为必要的事项。总部长根据总部会议审议的结果，综合考虑紧急事态的缓和情况，可解散紧急应对总部。
